R语言读取压缩文件

R语言读取压缩文件

方法一：

首先需要从网页下载压缩文件，然后解压文件。除了手动解压，其实也可以直接在R中使用gunzip解压.gz格式的压缩文件：

library(R.utils)
gzfile = 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/PopGenome/PopGenome_2.7.5.tar.gz'
gunzip(gzfile, remove = F) #不删除源文件

对生成的文件再使用 read.table 等函数进行读取。

方法二：直接读取压缩文件

可以借助 gzfile 函数

1.下载文件直接读取

gf = gzfile(gzfile, 'rt')   
data = read.table(gf, header = F, sep = '\t', quote = '', comment.char = '#')

#也可以直接读取网页上的.gz文件：

2.从网页直接读取

webfile = 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/PopGenome/PopGenome_2.7.5.tar.gz'
z = gzcon(url(webfile))
raw = textConnection(readLines(z))
close(z)
data = read.table(raw, header = F, sep = '\t', quote = '', comment.char = '#')
close(raw)
head(data)