群体遗传，进化分析利器Popgene分享给大家

Popgene分析方法：
SSR为显性分子标记，故将实验分析数据作为单倍型数据进行统计，在某一位点上依据条带的有或无分别记为1或0，输入Excel表中形成二元数据矩阵。在此数据基础上进行如下统计分析：多样性分析，运用POPGENE Version 1.31软件计算地椒各种群间及种群内全部个体多态位点百分率、种群总基因多样性（Ht）、种群内基因多样性（Hs）、种群间的遗传分化指数（Gst）（Gst= 1 - Hs/Ht）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Nei’s 遗传距离和遗传一致度及Shannon多样性信息指数（I），并对种群间及种群内个体进行聚类分析。可配合采用Arlequin Version 3.01软件包进行AMOVA分析，统计种群内和种群间的方差、方差分量及贡献率，依此量化评价基因多样性在种群间和种群内的差异和贡献，并做差异显著性检验。

SHDI（Shannon’s Diversity Index）：香农多样性指数。香农多样性指数是一种基于信息理论的测量指数，在群体遗传分析中应用很广泛。
公式：H=-ΣPilnPi
单位：无，范围：SHDI≥0
公式描述：SHDI在群体遗传等于各群体类型大小的比乘以其值的自然对数之后的和的负值。SHDI=0表明整个群体高度集中；SHDI增大，说明群体较分散或呈均衡化趋势分布。

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