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原创 Augustus操作指南
Augustus指南(Trainning部分)目录Augustus指南官方 Tutorial IndexInput:Trainning:PredictionOutput：可能用到的其他软件Trainning Augustus对于没有直接基因结构的情况，可以使用Scipio制作基因结构文件将用于Trainning的基因结构信息分为Trainning set和test set...
2019-09-23 15:59:10
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原创 Genscan操作实战
Genscan指南GenScan是一个gene识别软件，主要是通过已知生物的基因结构特征来识别新的基因（parse）。所利用的基因特征请参看readme文件。特点：只考虑编码蛋白的基因。模型考虑每个sequence可能有0个，1个，多个，甚至双链都有基因。假设transcription units没有overlapping。Input:基因组序列Output:文本文件：识别出来的...
2019-09-23 15:56:05
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原创 组装好基因组后之预测基因
预测基因给定一段fasta格式序列，如何预测其中的基因呢？首先需要判断该片段来自原核生物，真核生物还是病毒序列。如果是原核生物，基因结构比较简单，可以直接使用prodigal或者glimmer3工具进行预测。直接将fasta格式序列输入给软件即可。prodigal -a ref.pep -d ref.cds -f gff -g 11 -o ref.gff -s ref.stat -i re...
2019-09-21 13:58:18
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原创 ABYSS genome assemble 详细用法
ABySSABySS is a de novo sequence assembler intended for short paired-end reads and large genomes.Please cite our papers.News3 May 2019Looking for a fun & worthy challenge? Think you can contr...
2019-09-23 13:04:25
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转载 高通量测序的方式解析：单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序
高通量测序的方式主要有：单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序 高通量测序的方式主要有：单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序 [8] 。当要进行多 个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头，混合后一起测序。 其中单端测序就是将 基因组随机打断后，对每个片段的进行测序。该方式建库简单，操作步骤少，常用于小基因...
2019-09-22 22:29:18
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转载 XShell 的命令提示符颜色配置
设置提示符格式—PS1在终端上的显示的命令提示符：[root@zhang ~]#配置文件中的设置：PS1=”[\u@\h \W]$”PS1的定义中个常用的参数的含义如下：\d ：#代表日期，格式为weekday month date，例如：”Mon Aug 1”\H ：#完整的主机名称\h ：#仅取主机的第一个名字\T ：#显示时间为24小时格式，如：HH：MM：SS\t ：#显示...
2019-09-22 16:46:32
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原创 grep-sed-awk
18、grep文本搜索工具，类似于正则表达式搜索，可以在一个大的文件中快速搜索到满足一定规则的内容。#案例一：统计fasta文件中序列的条数；grep -c “>” gene.ffn#案例二：输出满足条件的序列；grep -A 2 “3 gi 29732 34486” lastz.axt#案例三：筛选出不满足条件的内容；ps -fx | grep -v “S”19、sed...
2019-09-22 15:41:14
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原创 压箱底的Linux技巧
Linux的强大之处就在于它的批量化和自动化，能够高效的完成工作，即使比较复杂的工作，通过一条命令就能够快速完成，另一方面，Linux系统相对完善，只要你能想到的功能，只要耐心去搜索，都能够找到比较好的解决方案。这里我们介绍一些平时我工作中常用中Linux技巧，可以极大提高我的工作效率，如果你有更好的技巧，也欢迎留言给我。timetime命令可以用于计算任务消耗时间，只需要在执行命令前面加上t...
2019-09-21 15:35:34
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原创 sed 处理fasta/q 文件
sed 是一种流编辑器，它一次处理一行内容。处理时，把当前处理的行存储在称为“模式空间”（pattern space）的临时缓冲区中，接着用 sed 命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。生成联系文件leadingsci@DELL5577:~/Test$ cat df.txtFilesystem Size Use...
2019-09-21 10:44:47
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转载 生物信息，神奇有用的单行命令！
Bioinformatics one-linersDOIUseful bash one-liners useful for bioinformatics (and some, more generally useful).ContentsSourcesBasic awk & sedawk & sed for bioinformaticssort, uniq, cut,...
2019-09-20 22:03:31
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原创 samtools faid产生的.fai文件详解
区别samtools faidx产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fasta文件， 能够快速的提取任意区域的序列用法：samtools faidx input.fa该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的长度...
2019-09-20 18:12:13
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原创 sra-tool 中的prefetch更改下载文件的保存路径
sra-tool 中的prefetch更改下载文件的保存路径（一切皆是命令行操作）首先找到你安装sra-toolkit的路径，然后打开bin文件夹，在当前文件夹输入如下命令：./vdb-config -i接着查看官方的操作（点击转到官方链接）。可以用鼠标控制选项，然后按回车键确认，如果想要保存需要用tab键，最终还是要跳到最开始的对话框，鼠标点击到[6 save]，回车确定保存，然后[7 e...
2019-09-19 19:44:01
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原创 bed 文件说明
bed文件（browse extensive data）以及gff文件（general fearture format） ben文件第一列是染色体或者contig信息。第二列是起始位置，从0开始。第三列是终止位置。前三列是必须的！第四列是bed列的名字。第五列是score。第六列是链方向。第七列是基因起始。第八列是基因终止。第九列是RGB值。第十列是外显子数量。第十一列是外显子大小。第十二列是外显...
2019-09-13 18:04:02
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原创 awk打印指定列以后的所有列
现在想打印除了第一列意外的所有列文件内容：[root@localhost ~]# cat test.txt1 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 3 4 5 6 7 8 9 01 2 ...
2019-09-13 14:28:52
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转载 awk打印时里面加引号或者其他符号
awk打印时里面加引号或者其他符号1、添加双引号使用"“双引号把一个双引号括起来，然后用转义字符\对双引号进行转义，输出双引号。awk '{print “””}’2、添加单引号使用一个双引号""，然后在双引号里面加入两个单引号’’，接着在两个单引号里面加入一个转义的单引号’，输出单引号。awk ‘{print "’’’"}’栗子如下：命令：cat huangzx3|awk -F"...
2019-09-10 19:59:32
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原创 awk当中使用外部变量
awk当中使用外部变量1.awk命令使用双引号的情况下此时在awk命令里面使用"$var"就可以引用外部环境变量的var的值var=“BASH”;echo"unixscript"|awk"gsub(/unix/,“var”)"2.awk命令使用单引号的情况下此时在awk命令里面使用"’"$var"’"就可以应用外部变量var的值，注意五个点表示两个双引号之间有一个单引号var=“BAS......
2019-09-10 18:58:53
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原创 解释外显子，内含子，CDS、cDNA、EST、mRNA、ORF间的区别
外显子、内含子、mRNA、CDS1.DNA复制：以DNA为模板，在DNA聚合酶的催化作用下，将四种游离的dNTP按照碱基互补配对原则合成新链DNA转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA聚合酶的作用下，将四种游离的NTP按照碱基互补配对的原则合成RNA翻译：以mRNA为模板，在核糖体内合成蛋白质的过程特点：DNA复制 模板为双链DNA，合成的新链与模板链一模一样，原料为四种dNTP，为...
2019-09-10 10:19:17
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原创 各种统计检验及r语言实现
1.单正态总体的检验方差已知，检验均值：Z检验z.test():BSDA包，调用格式：z.test(x, y = NULL, alternative = “two.sided”, mu = 0, sigma.x = NULL, sigma.y = NULL, conf.level = 0.95)x，y为样本数据，单样本时忽略y；alternative选择检验类型；mu为检验的均值；sigm...
2019-09-02 21:28:55
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空空如也
空空如也
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