R数据对象快速保存与读取：qs包

awk_bioinfo

于 2024-09-13 17:37:11 发布

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分类专栏：单细胞生物信息 R 文章标签： qs R对象保存 RDS

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qs：R对象的快速序列化

qs是一个R语言包，使用qs可以快速地从磁盘中保存和读取对象。** 它的主要目的是替换R中的saveRDS和readRDS函数，提供了一个更加快速而完整的数据读写方法。 ** 受到fst的启发，qs通过lz4/zstd库使用了类似的块压缩设计。它的不同之处在于，对属性和对象的引用设计了更普适的方法。一方面，saveRDS和readRDS是R数据序列化的标准，但是这些函数没有针对速度进行优化；另一方面，fst非常快，但只适用于部分数据类型如data.frame。qs结合了两者的优点，能够做到更加快速的储存数据，适用于各种类型的对象。

下表比较了R中不同序列化方法的特性

在这里插入图片描述

具体操作代码

# install.packages('qs') # 安装qs包
subsc <- readRDS('subsc.Rds') # 读取一个Rds对象
library(qs) # 加载qs包
qsave(subsc,'subsc.qs',nthreads = 8) # 保存为qs对象
subsc2 <- qread('subsc.qs',nthreads = 8) # 加载qs对象