rdkit 读写分子操作

让计算机识别化学分子是计算化学的必备技能，也是对分子进行各种操作的基础。

一、简介

rdkit支持从Smiles、mol、sdf文件中读入分子获取分子对象。Smiles、mol通常用于保存单个分子；而sdf格式是作为分子库形式设计的。
因此读入sdf得到的是分子迭代器，读入Smiles、mol文件得到分子对象。

二、读分子操作

2.1 引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 读写分子

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw

2.2 读入smiles

smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC=C3'
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)   # 将Smiles转换为mol对象
# 将Mol分子画出结构图，并存储在相应地址
Draw.MolToImageFile(
    mol