rdkit 化学性质(ChemicalFeatures)和药效团

最新推荐文章于 2023-07-14 17:14:27 发布

qq_36801966

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分类专栏： python 文章标签： rdkit 化学性质 SigFactory GetFamily AtomType

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36801966/article/details/107063161

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本文介绍了Rdkit如何利用特征定义文件（FDef）进行化学特性分析，包括原子类型和特征的定义。重点讨论了2D药效团指纹的生成，如参数设置、Gobbi 2D指纹，并提供了修改FDef设置的方法，以适应不同的特征需求。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8

import os
from rdkit import Chem
from rdkit import RDConfig

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw

from rdkit.Chem import ChemicalFeatures
from rdkit.Chem.Pharm2D.SigFactory import SigFactory
from rdkit.Chem.Pharm2D import Generate, Gobbi_Pharm2D

二、化学性质

# 建立一个化学性质对象,通过该对象可以得到分子的化学性质
fdefName = os.path.join(
    RDConfig.RDDataDir,
    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/BaseFeatures.fdef'
)
factory = ChemicalFeatures.BuildFeatureFactory(fdefName)

smi = 'C=CC(=O)N1CCC(CC1)C2CCNC3=C(C(=NN23)C4=CC=C(C=C4)OC5=CC=CC=C5)C(=O)N'
m = Chem.MolFromSmiles(smi)
Draw.MolToImageFile(
    m,
    "/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol38.jpg",
)

在这里插入图片描述

# 使用特征工厂搜索特征
feats = factory.GetFeaturesForMol(m)
print(len(feats))  # 16

# 搜索到的每个特征都包含了改特征家族（例如受体、供体等）特征类别、该特征对应的原子、特征对应的序号等
for f in feats:
    print(
        f.GetFamily(),  # 特征家族信息
        f.GetType(),    # 特征类型信息
        f.GetAtomIds()  # 特征对应原子
    )

# Donor SingleAtomDonor (4,)
#