2020年06月_qq_36801966

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原创 rdkit 化学反应ReactionFromSmarts

文章目录一、引入所需库二、化学反应实例三、化学反应模板四、化学反应注意事项RDKit提供化学反应引擎，其中化学反应模板是基于smarts构建。反应物+反应引擎就可以生成产物。一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import Draw二、化学反应实例示例反应rxn = AllChem.ReactionFro

2020-06-30 08:16:17 2128

原创 rdkit 分子性质描述符（Descriptors）

文章目录一、引入所需库二、性质描述符计算三、原子对性质的贡献可视化分子性质也被称为描述符。 RDKit中内置了大量的分子描述符的计算方法，这些方法主要位于rdkit.Chem.Descriptors <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Descriptors.html#module-rdkit.Chem.Descriptors>_ 也有些常用的性质在AllChem模块下面。一、引入所需库#! /usr/bin/python# co

2020-06-29 20:54:29 7024 1

原创 rdkit 化学指纹（fingerprint）和相似性

文章目录一、引入所需库二、化学指纹2.1 拓扑指纹 Chem.RDKFingerprint(mol)2.2 MACCS 指纹MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)2.3 原子对Atom Pairs2.4 拓扑扭曲topological torsions2.5 摩根指纹（圆圈指纹）AllChem.GetMorganFingerprint(mol,2)2.6 摩根指纹拓展三、相似性计算3.1 基于指纹计算相似性3.1.1 方案一：基于拓扑指纹和Tanimoto相似性方法指纹计算3个分子的相似性

2020-06-29 10:25:29 9182 2

原创 rdkit 化学转换

RDKit包含许多用于修饰分子的功能。注意，这些变换功能旨在提供一种简单的方法，可以对分子进行简单的修饰。文章目录一、引入所需库二、基于子结构的转换2.1 删除子结构2.2 取代基替换2.3 SAR分析-core可视化2.4 SAR分析-sidechain可视化2.5 拆分手段三、Murcho分解3.1 获取分子骨架Murcho四、最大公共分子4.1 最大公共子结构FindMCS函数解析4.1.1 atomCompare也有其他的内置函数如：4.1.2 bondCompare也有其他的内置函数如：4..

2020-06-05 10:21:12 1292

原创 rdkit 子结构搜索

文章目录一、引入所需库二、子结构搜索2.1 判断是否有子结构2.2 获取第一个子结构对应的原子编号2.3 获取对应所有子结构2.4 子结构搜索考虑手性2.4.1 不考虑手性2.4.2 考虑手性三、smarts一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 子结构搜索from rdkit import Chem二、子结构搜索子结构搜索可以通过SMARTS匹配符完成。2.1 判断是否有子结构首先创建分子对象，然后定义匹配模式，最后判断是否

2020-06-04 20:46:34 2363

原创 rdkit 绘制分子【可视化分子】

rdkit 内置了Draw模块，用于绘图，把一些经常用到的方法直接放在Draw下面。文章目录一、引入所需库二、分子对象转化为图片2.1 分子对象转图片文件函数解析2.2 分子对象转图片函数解析2.3 分子对象转图片2.4 多个分子按照grid显示2.5 多个分子基于公共骨架按照grid显示一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 绘制分子【可视化分子】from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem imp.

2020-06-03 19:46:15 9340 2

原创 rdkit 处理2D、3D分子

Smiles 可以看成分子的1D形式，分子的平面结构可以看成分子的2D形式。该算法能够减少分子中原子在平面内的碰撞，使得绘制的分子更加清晰。文章目录一、引入所需库二、处理2D分子2.1 计算分子的2D坐标函数解析2.2 生成一个分子的描述函数解析2.3 计算分子的2D坐标结果坐标存储在分子的每个原子上三、处理3D分子3.1 产生3D构象3.2 产生多个3D构象四、计算构象的RMS值4.1 计算其他构象和第一个构象的RMS值4.2 计算指定两个构象的RMS值4.3 MMFF立场对构象进行优化五、保.

2020-06-03 19:30:57 3976

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