rdkit 子结构搜索

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 子结构搜索

from rdkit import Chem

二、子结构搜索

子结构搜索可以通过SMARTS匹配符完成。

2.1 判断是否有子结构

首先创建分子对象，然后定义匹配模式，最后判断是否有子结构。
匹配模式：支持Chem.MolFromSmarts() 和 Chem.MolFromSmiles() 两种形式。 Smarts的表现形式更加丰富。

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1OC')
patt = Chem.MolFromSmarts('OC')
flag = mol.HasSubstructMatch(patt)
if flag:
    print('分子中包含基团 -OCH3')
else:
    print('分子中不包含基团 -OCH3')    
# 分子中包含基团 -OCH3

2.2 获取第一个子结构对应的原子编号

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