一点关于centered log-ratio transformation的思考
centered log-ratio transformation(clr)
这是本🐏的第 2 篇文稿。
最近在看用XRF数据进行土壤/岩石样品的元素分析。我同事对数据进行centered log-ratio transformation。蠢笨如我看了好几天,也没太搞懂,为什么要进行转换。以及转换后,如何看这个数据。
下面是几点简单的体会把。
clr转换的基本概念
- 首先明白一个概念,compositional data (根据维基百科的定义:指在统计学中,组成数据是对某些整体的各个部分的定量描述,传达了相关信息。在数学上,组成数据由单形上的点表示。涉及概率,比例,百分数和ppm的测量都可以被认为是成分数据。mg·kg-1, ppm, %)
- clr就是要对compositional data的各个元素进行转换。
c l r ( x ) = [ l n x 1 g ( x ) ; … ; l n x D g ( x ) ] clr(x) = [ln \frac{x_ {1}}{g(x)};…; ln \frac{x_ {D}}{g(x)}] clr(x