相对于GPS时间,卫星上作为时间和频率信号来源的原子钟存在着必然的时间偏差和频率漂移。为了确保各颗卫星的时钟与GPS时间同步,GPS地面监控部分通过对卫星信号的检测,将卫星时钟在GPS时间为t时的卫星钟差描述成以下的一个二项式:
其中,三个二项式系数以及参考时间均有卫星导航电文的第一数据块给出。尽管从频率信号的产生到GPS卫星信号的发射这一段卫星设备延时已经包含在由上式所示的卫星钟差模型中,但是由于该模型不可能与卫星时钟的真实运行情况完全吻合,因而根据该式矫正后的卫星时钟值与GPS时间之间仍存在着一定的差异,而卫星时钟误差是指的就是这个钟差残存差异。卫星时钟误差一般不超过3m,均方误差约为2m,但当GPS对卫星时间信号实施SA干扰时,卫星时钟误差可达80ns,即为25m。