AIMD_Toolkit详细教程:MATLAB中分子动力学轨迹分析与VASP轨迹读取及核密度的VESTA可视化

AIMD_Toolkit是一款用于处理分子动力学模拟数据的MATLAB工具,它能读取VASP的XDATCAR文件并生成VESTA可读的核密度CHG格式。本文详述了如何安装配置、读取轨迹、创建核密度图以及工具的其他功能和未来展望。

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一、简介

随着分子动力学模拟在物理、化学和材料科学中的日益广泛应用,处理和分析模拟产生的大量数据成为了一个关键步骤。为此,AIMD_Toolkit应运而生,为科研工作者提供了一个强大而便捷的MATLAB工具包,能够从VASP输出文件中提取轨迹,并以VESTA可读的格式展现核密度。本文将详细介绍如何使用AIMD_Toolkit进行相关操作。

二、安装与配置AIMD_Toolkit

首先,您需要在官方存储库中下载AIMD_Toolkit的最新版本,并将其添加到MATLAB的路径中。

步骤1: 克隆或下载AIMD_Toolkit仓库

git clone [AIMD_Toolkit的仓库地址]

步骤2: 在MATLAB中,导航到AIMD_Toolkit的目录,并添加路径:

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