Seurat是基因表达数据的预处理中常用的包,安装过程如下:
如果是安装最新的4.0版本,可以直接使用remotes命令通过github链接安装:
remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "release/4.0.0")
如果remotes命令不可用,要先安装remotes包:
install.packages("remotes")
如果是安装2.3版本,则按照以下步骤:
首先安装devtools包:
install.packages("devtools")
然后使用devtools安装:
devtools::install_version(package = 'Seurat', version = package_version('2.3.0'))
此时有可能会报错:
packages 'multtest', 'SDMTools' are not available
可以看出是缺少 'multtest' 和 'SDMTools' 这两个包,需要分别安装。
multtest可以通过BiocManager安装, SDMTools通过remotes命令安装: