单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing

这是一个新系列

差不多是一年以前，我定导后没多久，接手了读研后的第一个课题。合作方是医院，和我对接的是一名博一的医学生，最开始两边的老师很排斥常规的单细胞文章思路，即各大类细胞分群、注释、描述，所以起初的几个月都在摸索一条主线，再后来有主线了，要加实验验证，周期有点长。我这边的分析基本做完。读研生活还在继续，我也不能太在意这一个课题，尽管有些时候我也很着急，尽管我在这个课题上花了很多时间。整理分析流程是个好习惯，最大的受益者还是自己，所以接下来我打算把我在处理单细胞转录组过程中，学到的用到的所有技能以这样的形式写出来，估计有二三十篇吧~

我想先从Cell Hashing这样一种改良的单细胞测序技术开始

1. CITE-seq

事实上Cell Hashing是在CITE-seq的基础上改进的，CITE-seq全称cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing，是一种同时对细胞内RNA和细胞表面蛋白进行测序的技术。

测序原理如上图，将特定的抗体连上一段序列，序列上包含与抗体信息对应的antibody barcode，像右上方表格一样