文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的单细胞图谱

今天介绍的这一篇文献[Ref1]，发表在NC上，中规中矩，分析内容很全面也很常见（话说，NC上面好多这种描述性的单细胞文章）。

下面我会简单介绍一下文献内容，涉及到以下内容，大家可能会感兴趣：

1. 这篇文章是如何鉴定肿瘤细胞的？（我之前专门写过一篇推文讲这个）
2. 肿瘤细胞和非肿瘤细胞一起降维聚类时，需不需要去批次？
3. 肿瘤细胞的异质性可以从哪几个角度说明？
4. 肿瘤细胞的拟时序/轨迹分析怎么做？
5. monocle2的经典图怎么看？
6. 细胞通讯分析怎么做？有哪些经典的受配体对？

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1. 背景

我们从标题中大概能知道这篇文献的主要工作是集中在晚期NSCLC的肿瘤异质性、肿瘤微环境。去年的统计数据显示肺癌已经是我国发生率和死亡率最高的癌症。 大家做单细胞的原因很多时候都是为了解决异质性的问题，为什么用药之后有的人有效而有的人没效，为什么刚开始有效过段时间又没效，这其中根本的原因就在于异质性，肿瘤细胞本身有异质性，周围的微环境也有异质性。最终的愿景是希望在完全了解透这些异质性后，能给患者分组，每一组给予特定的治疗方案。

2. 实验设计和初步结果

这张图显示了这篇研究的样本组成，有肺腺癌 肺鳞癌，有三期 四期，他们是否吸烟，有无致癌突变。这个图的展示形式还挺清晰的。

左上图展示了鉴定出来的11种主要的细胞类型，需要注意的是，这里面把Cancer和Epithelial、Alveo