论文阅读 | Dual-stream Multiple Instance Learning Network

DSMIL

1. 题目

Dual-stream Multiple Instance Learning Network for Whole Slide Image Classification with Self-supervised Contrastive Learning

github地址：https://github.com/binli123/dsmil-wsi
paper：https://arxiv.org/abs/2011.08939

2. 摘要

背景：解决WSI（高分辨率、缺乏局部注释）分类问题。
工作：提出一种基于MIL的WSI分类和病灶检查的方法。

1. 提出一种新颖的MIL聚合器，通过可训练的距离度量对双流架构中实例的关系进行建模；
2. 提出了自监督对比学习来提取MIL的良好表示（WSI会产生阻碍MIL模型训练的大型或不平衡包），并缓解大型包的高内存的问题；
3. 对多尺度WSI特征采用金字塔融合机制，进一步提高分类和定位的准确性。

Our method has three major components. First, we introduce a novel MIL aggregator that models the relations of the instances in a dual-stream architecture with trainable distance measurement. Second, since WSIs can produce large or unbalanced bags that hinder the training of MIL models, we propose to use self-supervised contrastive learning to extract good representations for MIL and alleviate the issue of prohibitive memory cost for large bags. Third, we adopt a pyramidal fusion mechanism for multiscale WSI features, and further improve the accuracy of classification and localization.

数据集：TCGA、Camelyon16

3. 内容

3.1 问题背景

弱监督深度MIL模型WSI分类的主要挑战：

1. 当正包中的实例是高度不平衡,即一小部分实例是积极的。当使用一个简单的聚合操作时（比如广泛采用max-pooling），模型可能会把这些积极的实例误分类。下图1

When patches (instances) in positive images (bags) are highly unbalanced, i.e., only a small portion of patches are positive, the models are likely to misclassify those positive instances [22] when using a simple aggregation operation, such as the widely adopted max-pooling.

2. 因为端到端培训特征提取器和聚合器非常昂贵，当前模型使用由CNN提取的固定特性或使用几个高分补丁更新特征提取器。 这些简化的学习机制会导致WSI分类的次优 Patch 特征。

Current models either use fixed patch features extracted by a CNN or only update the feature extractor using a few high score patches, as the end-to-end training of the feature extractor and aggregator is prohibitively expensive for large bags.

3.2 总体结构

3.3 方法

3.3.1. MIL 范式

包：$B=(x_1,y_1),\cdots ,(x_n,y_n)$ ，实例：$x_i \in \chi $ , 标签 $y_i\in 0,1$ 。

KaTeX parse error: Undefined control sequence: \mbox at position 28: …in{cases} 0, & \̲m̲b̲o̲x̲{if } \sum y_i …
进一步，MIL使用一个适当变换 $f$ 和一个置换不变 (permutation-invariant) 变换 $g$ 来预测标签 $B$ 。
$$c(B)=g(f(x_0),\cdots ,g(f_n))$$
基于 $f$ 和 $g$ 有两种不同的MIL建模方式：

1. Instance-based： $ f$ 是一个实例分类器（赋予每个实例分数），$g$ 是一个池化操作符（聚合实例分数得到包分数）
2. Embedding-based： $f$ 是实例级的特征提取器（映射每个实例到一个嵌入），$g$ 是一个聚合操作符（从实例嵌入中产生一个包嵌入，基于包嵌入输出一个包分数）

Embedding-based 比 Instance-based 精度更高， 但难以确定触发分类器的关键实例。

The embedding-based method produces a bag score based on a bag embedding directly supervised by the bag label and usually yields better accuracy compared to the instance-based method [52], however, it is usually harder to determine the key instances that trigger the classifier [30].

3.3.2. DSMIL

关键创新: 新颖的集合函数 $g$ 的设计， 特征提取器 $f$ 的学习。

1. MIL Aggregator with Masked Non-Local Operation

包含用于特征聚合的 masked non-local 块 和 max-pooling 块。

输入： 自监督对比学习得到的特征嵌入。

1. First Stream

包：$B=x_1,\cdots ,x_n$ , 特征提取器 $f$ , 实例 $x_i$ 投影到嵌入 $h_i=f(x_i)\in {\Re }^{L\times 1}$ 。
c ( B ) = g m ( f ( x 0 ) , ⋯   , g ( f n ) ) = max ⁡ { W 0 h 0 , ⋯   , W 0 h N − 1 } \begin{align} c(B) & = g_m(f(x_0), \cdots,g(f_n)) \\ & = \max \{W_0h_0,\cdots,W_0h_{N-1}\} \end{align} c(B)​=gm​(f(x0​),⋯,g(fn​))=max{W0​h0​,⋯,W0​hN−1​}​​
$W_0$ 是一个权重向量， max-pooling 是一个置换不变操作，因此这一流满足定义。

2. Second Stream

转换实例嵌入 $h_i$ 到两个向量 , query $q_i\in {\Re }^{L\times 1}$ 和 information $v_i \in \Re^{L \times 1} $。
$$q_i=W_q{H}_i,v_i=W_v{h}_i,i=0,\cdots ,N-1$$
$W_q$ 和 $W_v$ 是权重矩阵。

定义距离度量 $U$ (关键实例到其他实例):
$$U(h_i,h_m)=\frac{exp(⟨q_i,q_m⟩)}{{\sum }_i^{N-1}exp(⟨q_k,q_m⟩)}$$
$⟨,⟩$ 表示两个向量的内积。

包嵌入 b 是所有实例的 信息向量 $v_i$ 的加权元素和 (weighted element-wise sum)，使用到关键实例的距离作为权重。

$$b=\sum _i^{N-1}U(h_i,h_m)v_i$$

包分数 $c_b$ :
$$\begin{array}{rl}{c}_b(B)& =g_b(f(x_i),\cdots ,f(x_n))\\ & =W_b\sum _i^{N-1}U(h_i,h_m)v_i=W_{b}b\end{array}$$

$W_b$ 是二分类的权重向量 。 这个操作类似于自注意力, 不同在于query-key 匹配只表现在关键节点和其他节点之间。

点积测量两个 query 之间的相似性，更大的值更相似。因此，与关键实例更相似的实例会有更好的注意力权重。information 向量 $v_i$ 的附加层允许从每个实例中提取贡献信息，soft-max 操作确保注意力权重之和为1。

因为关键实例不依赖于实例的顺序，U 也是对称的，即，包嵌入 b 不依赖于实例的顺序。因此， 第二流是置换不变的且满足定义。

最后的 包 分数是两个流的平均：
$$\begin{array}{rl}c(B)& =\frac{1}{2}(g_m(f(x_i),\cdots ,f(x_n))+g_b(f(x_i),\cdots ,f(x_n)))\\ & =\frac{1}{2}(W_0{h}_m+W_b\sum _{i}U(h_i,H_m)v_i)\end{array}$$
包嵌入的结果是一个矩阵 $ b \in \Re^{L \times C}$ , C 是类的数目，每个 information 向量 $v_i$ 的加权和。最后的全连接层输出 C 通道。 information 向量 $v_i$ 允许实例间特征选择（距离度量被用来实例间特征选择, 根据实例间相似性）。结果的包嵌入是一个与包大小无关的固定的形状，将被用来计算包得分 $c_b$。如图3。

2. Self-Supervised Contrastive Learning of WSI Features

SimCLR

3. Locally-Constrained Multiscale Attention

4. 实验

• 数据集： Camelyon16 and TCGA lung cancer
• 指标：accuracy 、 area under the curve (AUC) scores

4.1 结果

• Camelyon 16

• TCGA

4.2 消融实验

• Effects of Contrastive Learning
• Effects of Multiscale Attention
• DSMIL Aggregator on Other MIL Tasks

5. 结论和展望

结论： MIL聚合器、自监督对比学习、多尺度特征

展望

• 设计适应于组织病理图像特征的自监督学习策略
• 整合建模空间关系机制捕获 WSI 的多分辨率特征

引用

@inproceedings{Li:2021:1431814328,
author		=	{Bin Li and Yin Li and Kevin W Eliceiri},
title		=	{Dual-stream multiple instance learning network for whole slide image classification with self-supervised contrastive learning},
booktitle	=	{{IEEE} Conference on Computer Vision and Pattern Recognition},
pages		=	{14318--14328},
year		=	{2021}
url			=	{https://arxiv.org/abs/2011.08939}
}