归纳:bam去重

####rmdup一般已经过时，一般不要用这个方法！

picard
Picard也是一款去重的软件，只不过要用Java来启动它，所以你的服务器上要安装Java
下载地址：https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.21.6
选择第一个，直接下载就可以用了
但是利用picard去重所用的sam文件或者bam文件是需要加header的，如果你的文件没有，我们可以用samtools加个表头：

#加header
samtools view -Sb -T genome.fa sample_no_header.sam >sample_with_header.bam
#genome.fa为参考基因组序列
并且bam文件还是要按名字排过序的：

#按名字排序
samtools sort -n -o sorted.bam unsorted.bam
Picard去重：

java -jar ~/biosoft/picard.jar MarkDuplicates
REMOVE_DUPLICATES=true
I= input.bam
O= output.bam
M= out.txt \ #相当于log文件

作者：小潤澤
链接：https://www.jianshu.com/p/f427cec66150
来源：简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。