####rmdup一般已经过时,一般不要用这个方法!
picard
Picard也是一款去重的软件,只不过要用Java来启动它,所以你的服务器上要安装Java
下载地址:https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.21.6
选择第一个,直接下载就可以用了
但是利用picard去重所用的sam文件或者bam文件是需要加header的,如果你的文件没有,我们可以用samtools加个表头:
#加header
samtools view -Sb -T genome.fa sample_no_header.sam >sample_with_header.bam
#genome.fa为参考基因组序列
并且bam文件还是要按名字排过序的:
#按名字排序
samtools sort -n -o sorted.bam unsorted.bam
Picard去重:
java -jar ~/biosoft/picard.jar MarkDuplicates
REMOVE_DUPLICATES=true
I= input.bam
O= output.bam
M= out.txt \ #相当于log文件
作者:小潤澤
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来源:简书
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