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RSS订阅原创 gmx报错记录
利用sudo apt update 和 sudo apt upgrade 后CUDA 没有安装成功，导致CUDA损坏，Gromacs 无法使用GPU进行加速。
2024-02-19 16:49:06
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原创 Gromacs模拟对接后的蛋白质和小分子
这里我们需要去修改力场的 ，因为小分子的原子类型是不包括在本身的力场中的，我们需要对力场的原子类型进行更改,找到生成protein的力场问题重新复制一份，将小分子itp文件中的 atomtype 下的原子类型复制到 力场文件中 ffnonbonded.itp 中的atomtype下，并删除小分子itp文件中的 atomtype。将protein.gro的文件先复制进去，然后在protein.gro的倒数第二行后，将ligand.gro复制进去，并把小分子的top包括protein.top中。
2023-07-06 10:49:43
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原创 Gromacs减少生成文件大小的方法
其中trr文件比较大，在做分子模拟过程中，自己的硬盘为4T，但是生成的trr文件快到8T，无法储存。试想过，通过Gromacs的断点运行功能运行一段时间后，导出xtc,或者生成RMSD,然后将trr文件删除，通过cpt文件接着运行。将这些生成的xtc或者RMSD合并起来就可以得到完整的模拟过程，但这个过程会丢失trr文件。上面的做法比较麻烦，我们可以在最后一步模拟过程中直接不生成trr文件，生成xtc文件，与trr文件相比xtc没有原子的速度和力的信息，文件会大大缩小，不影响后面生成RMSD RMSF等。
2023-04-26 11:09:43
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原创 python第三方库的安装
pip指令安装方法 主要方法 适合99%以上的情况 适合 Windows Mac Linux 等操作系统 未来获取第三方库的方式，目前的主要方式 需要联网pip install -U(第三方库名）pip uninstall -Upip download -U 下载但不安装pip show 《第三方库》 列出某个第三方库的详...
2022-01-07 11:39:03
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原创 python-列表的使用笔记
列表的特点 列表是python的一种数据结构，是以序列形式组织数据的。 列表是可以修改的，而元组是不可修改的。 列表的基本操作 切片 print(fourt[0:4])#python的列表顺序是从左往右数，第一个元素的index为0，最后一个元素为-1. 在列表的切片中包含第一位但不包含第二位。numbers=[0,1,2,3]#numbers[-4:-1]=[0,1,2,3]#可以通过负号从右往左数。(第一位元素的位置要比第二位位置的元素位置要靠左）步长numbers[0:4:
2022-01-07 11:37:59
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原创 conda加速器mamba使用
@[TOC] 什么是mamba?mamba是用于管理环境的 CLI 工具，相比于conda 对包和环境的管理，mamba可以实现并行运算。安装：conda install mamba -n base -c conda-forge使用：mamba 与conda 创建一个独立的python环境步骤一样，首先需要创建一个环境，然后激活环境。mamba 创建环境： mamba create -n XXX python=3XXX为创建环境的名称，python= 这里我选择用python3.激活环境 co
2022-01-07 11:18:07
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原创 Ubuntu中将anoconda 加入环境变量
在终端输入 $sudo gedit /etc/profile，打开profile文件，profile是系统级的环境sudo vim /etc/profile在文件末尾添加一行：export PATH=/home/xxx/anaconda3/bin:$PATH，其中/home/XXX/anaconda3 为anoconda安装路径source /etc/profile...
2022-01-07 09:57:08
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空空如也
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