在Linux 系统安装Gromacs

1. 安装cmake：
   apt-get install cmake
2. 安装MPI:
   wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.1.tar.gz
   tar -xzvf openmpi-4.1.1.tar.gz
   cd openmpi-4.1.1/
   mkdir my_install/
   ./configure --prefix={‘you path’}/my-install
   make -j4
   make install
   vim ~/.bashrc：

export PATH={'你的路径'}/my_install/bin:${PATH} 
export LD_LIBRARY_PATH={'你的路径'}/my_install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

测试： mpi tab tab
3. 安装FFW
wget ftp://ftp.fftw.org/pub/fftw/fftw-3.3.9.tar.gz
tar -xzvf fftw-3.3.9.tar.gz
cd fftw-3.3.9/
mkdir my_install
./configure --prefix={‘用你的路径代替’}/my_install --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
make
make install
4. 安装Gromacs # 我测试了 GPU 和双精度不同同时使用，所以选择了GPU
wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.5.tar.gz
tar -xzvf gromacs-2021.2.tar.gz
cd gromacs-2021.2/
mkdir my-compile/ my-install/
cd my-compile
cmake … -DCMAKE_INSTALL_PREFIX={‘用你的路径代替’}/my-install -DGMX_MPI=on -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCMAKE_PREFIX_PATH={‘用你的FFTW路径代替’}/my_install -DGMX_GPU=CUDA
make
make install
vim ~/.bashrc：

source {'用你的路径代替'}/bin/GMXRC

测试：gmx tab tab

5. 结语：随着版本更迭，很多方法，参数都会改变，该文档包括两个引用也仅供参考。
   参考资料：
   https://zhuanlan.zhihu.com/p/371818337
   http://sobereva.com/457