RDKit|突出分子差异

目录

1. 导入相关包

2.  两种高亮方式

方法一：通过子结构匹配进行高亮

方法二：直接高亮指定的原子编号

3.  高亮分子的不同子结构

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1. 导入相关包

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import rdFMCS
from rdkit.Chem.Draw import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
IPythonConsole.drawOptions.minFontSize=20

如果出现导入失败，请先安装RDKit，'pip install RdKit’即可。

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2.  两种高亮方式

方法一：通过子结构匹配进行高亮

m = Chem.MolFromSmiles('[H][C@]1(CO)O[C@@]([H])(N2C=NC3=C(N)N=C(F)N=C23)[C@]([H])(O)[C@]1([H])O')
substructure = Chem.MolFromSmarts('CO')
print(m.GetSubstructMatches(substructure))
m

输出：

((0, 3), (1, 2), (4, 3), (16, 17), (18, 19))

图1 高亮分子子结构图

方法二：直接高亮指定的原子编号

根据方法一打印出来的原子编号，在方法二中使用该原子编号。​​​​​​​

m.__sssAtoms = [0,1,2,3,4,16,17,18,19]
m

图2 方法二高亮分子子结构图

图1和图2，标记出的分子子结构是一样的，可想而知，两种方法都能够达到同样的效果。但是方法一更简单直观。

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3.  高亮分子的不同子结构

定义两种分子并可视化：​​​​​​​

mol1 = Chem.MolFromSmiles('FC1=CC=C2C(=C1)C=NN2')
mol2 = Chem.MolFromSmiles('CCC1=C2NN=CC2=CC(Cl)=C1')
Draw.MolsToGridImage([mol1, mol2])

图3 分子可视化

定义比较分子不同的方法：​​​​​​​

def view_difference(mol1, mol2):
    mcs = rdFMCS.FindMCS([mol1,mol2])
    mcs_mol = Chem.MolFromSmarts(mcs.smartsString)
    match1 = mol1.GetSubstructMatch(mcs_mol)
    target_atm1 = []
    for atom in mol1.GetAtoms():
        if atom.GetIdx() not in match1:
            target_atm1.append(atom.GetIdx())
    match2 = mol2.GetSubstructMatch(mcs_mol)
    target_atm2 = []
    for atom in mol2.GetAtoms():
        if atom.GetIdx() not in match2:
            target_atm2.append(atom.GetIdx())
    return Draw.MolsToGridImage([mol1, mol2],highlightAtomLists=[target
    _atm1, target_atm2])

调用view_difference 方法：

view_difference(mol1,mol2)

图4 分子不同子结构高亮图

这种方法你可以随时可视化并高亮两个分子间的不同子结构，喜欢本文的欢迎点赞、转发和评论哦！