RDKit|搜索子结构时对侧链进行条件限制

一、简单子结构搜索

1. 初始化

• m表示待搜索的原始分子
• p表示带侧链的四元环结构

>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import Draw
>>> m = Chem.MolFromSmiles('C2NCC2CC1C(CCCC)C(OCCCC)C1c2ccccc2')
>>> p = Chem.MolFromSmarts('C1CCC1*')

2. 获取所有匹配的结构

• 获取所有子结构：GetSubstructMatches()
  返回值是原分子中与子结构匹配的原子索引。本例中一共返回4个结果

>>> matches = m.GetSubstructMatches(p)
>>> matches
((5, 6, 11, 17, 18), (5, 17, 11, 6, 7), (6, 5, 17, 11, 12), (6, 11, 17, 5, 4))

3. 查看匹配的结构

• 直接展示图片：MolToImage(m, highlightAtoms)
  通过highlightAtoms传入匹配的子结构

>>> Draw.MolToImage(m, highlightAtoms=matches[0])

• 搜索结果之一
  
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