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数据输入
第一行是会被忽略的,一般是简短的介绍这个文件的作用。
↓是atoms的数量
↓atoms的types数量
↓x,y,z的原点和对应的长度
↓molar masses
↓第一列为atom的id,第二列表示其type,第三列是charge,后面为初始坐标x,y,z
主要输入
第一行注释
↓单位
↓维度
↓分配模拟至处理器
↓边界
↓atom的类型
↓读取初始配置
↓potential函数
↓thermo表示每次获取thermodynamic信息间隔
↓thermo_style表示需要的信息,step当下时间步长,温度,potential energy,pressure,volume,x轴长度,密度
↓dump每1000步输出至md.lammpstrj包含atom的id,type,坐标xyz
↓energy minimization
↓fix 1表示定义为1的fix,nvt ensemble,温度初始5000 结束5000 dumping factor 100(即每100时间步长调整atoms的速度来确保5000的温度)
↓运行200000步
↓取消定义为1的fix
↓iso表示isostatic pressure,初始 结束0 1000 dumping factor
↓将最终数据写入data文件
↓写入restart文件,方便后续重启模拟