一个典型的Lammps输入文件的编写规则

来源网址:https://www.bilibili.com/video/BV1cv411q7KX?from=search&seid=17149303652437709662

数据输入

在这里插入图片描述
第一行是会被忽略的,一般是简短的介绍这个文件的作用。

↓是atoms的数量

↓atoms的types数量

↓x,y,z的原点和对应的长度

↓molar masses

↓第一列为atom的id,第二列表示其type,第三列是charge,后面为初始坐标x,y,z

主要输入

在这里插入图片描述
第一行注释

↓单位

↓维度

↓分配模拟至处理器

↓边界

↓atom的类型

↓读取初始配置

↓potential函数

↓thermo表示每次获取thermodynamic信息间隔

↓thermo_style表示需要的信息,step当下时间步长,温度,potential energy,pressure,volume,x轴长度,密度

↓dump每1000步输出至md.lammpstrj包含atom的id,type,坐标xyz

↓energy minimization
在这里插入图片描述
↓fix 1表示定义为1的fix,nvt ensemble,温度初始5000 结束5000 dumping factor 100(即每100时间步长调整atoms的速度来确保5000的温度)

↓运行200000步

↓取消定义为1的fix

↓iso表示isostatic pressure,初始 结束0 1000 dumping factor

↓将最终数据写入data文件

↓写入restart文件,方便后续重启模拟

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