单细胞与深度学习
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1. 单细胞数据分析
2. 图像识别
3. 单细胞 + 深度学习
4. 数据可视化
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python常用代码汇总
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352690273原创 2021-04-23 15:40:21 · 5477 阅读 · 0 评论 -
(单细胞-SingleCell)单细胞SCCAF自动化聚类
SCCAF:全称为单细胞聚类评估框架,是一种全新的单细胞推断细胞类型的方法该方法的核心就是通过不停的聚类评估在聚类在评估的方法最后筛选出最优的细胞类型SCCAF方法不仅会识别出特异性的细胞类型,还会识别出各种类型中的细胞对应的marker基因关于这个方法和文章我就不多做介绍了,下面的这个教程,做了很深入的讲解https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA那么,直接进行试验看一下到底有啥用请务必参考官方文档https://pypi.org/原创 2021-02-24 12:01:44 · 1911 阅读 · 0 评论 -
(单细胞-SingleCell)Scanpy流程——python 实现单细胞 Seurat 流程——单细胞文献实战
导入模块import scanpy as scimport osimport mathimport itertoolsimport warningsimport numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as plt%matplotlib inline%config InlineBackend.figure_format = 'svg'warnings.filterwarnings("ignore")plt.rc('原创 2021-02-24 11:47:30 · 8351 阅读 · 3 评论 -
(单细胞-SingleCell)Seurat流程文献复现——单细胞实战分析流程
单细胞项目:来自于30个病人的49个组织样品,跨越3个治疗阶段Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing这篇教程我将分为四个阶段完整的阐述单细胞的主流的下游分析流程数据预处理(数据准备阶段)seurat 基础分析免疫细胞识别inferCNV 的实现先来第一部分数据预处理这里的数据预处理很自由,其中一部分是必须按照严格的标准进行比如计算外源基因,线粒体, 核糖原创 2021-02-24 11:46:48 · 9956 阅读 · 9 评论 -
004 文献实战 01
getwd()setwd('~/Desktop/SingleCellDeepLearning/单细胞/10X/')dir()library(magrittr)library(stringr)options(stringsAsFactors = F)options(as.is = T)rawDf = read.table('GSE84465_GBM_All_data.csv.gz') # 表达谱rawAnno = read.table("SraRunTable.txt",sep = ",",原创 2021-02-24 11:46:06 · 533 阅读 · 0 评论 -
003_10X基础下游分析流程
第一步是导入包rm(list=ls())options(stringsAsFactors = F)library(Seurat)library(dplyr)library(stringr)library(magrittr)setwd('~/Desktop/SingleCellDeepLearning/单细胞/10X/')读取数据这里注意一下,这个代码只读取了一套数据,如果是多样本处理的话要先进行样本整合# 读取数据# filtered_feature_bc_matrix 下面应该要有原创 2021-02-24 11:45:32 · 676 阅读 · 0 评论 -
002_单细胞流程简化版
log高变基因标准化pca构建图聚类tsneseurat流程# 1.构建对象min.cells = 0 # min.cells 某一个基因至少在多少个基因中表达min.features = 0 # min.features 某个细胞至少表达多少个基因sce = CreateSeuratObject(counts = raw.data,metadata = metadata,min.cells =min.cells,min.features =min.features)sce = .原创 2021-02-24 11:45:04 · 385 阅读 · 0 评论 -
000_cellranger 预备流程
环境配置(这里的环境配置和 RNA 流程的环境配置一样)conda createconda install -y sra-toolsconda install -y trimmomaticconda install -y cutadapt multiqc conda install -y trim-galoreconda install -y star hisat2 bowtie2conda install -y subread tophat htseq bedtools deeptools原创 2021-02-24 11:38:12 · 503 阅读 · 0 评论 -
(DLBio)数据检查的基本流程概述(011)
数据检查的基本流程概述这一系列主要是以Deep-Learning-with-PyTorch这本教材为主大家可以直接去github上搜索,这本教材是开源的除了一些基本的代码问题(简单的问题希望大家可以独立的学会应用网络资源),任何在学习过程中(无论是否在本教材内),都可以发送邮件来和我探讨(避免微信上看到消息然后我以为我回复了)如果代码和流程存在任何疑问或者问题,请联系yuansh3354@163.com正文本来这一篇是打算开始进行pythorch 的教程,但是我发现很多朋友在做数据分析原创 2021-02-25 00:32:34 · 509 阅读 · 0 评论