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文献导读
文章平均质量分 93
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1. 单细胞数据分析
2. 图像识别
3. 单细胞 + 深度学习
4. 数据可视化
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(文献随笔)肿瘤浸润的活化B细胞抑制结直肠癌的肝转移(Cell Report, 2022年8月30日)
理论上重轻链表达相近的时候,得分应该在1附近,从图可以看出,非转移组确实是这样的,但是在转移组中的说法就很多了,当值低于1的时候,到底是重链表达少了还是轻链表达多就说不清楚了。iMPA 表达 Ig 重链蛋白,例如 IGHG4。由于 IgG 分子的组装需要轻链和重链,该结果表明仅表达 IgG 重链的 iMPA 不会组装功能性IgG,从而导致免疫功能改变,进而与转移和预后不良有关。转移组和非转移组中B细胞比例差异较大,且活化的B细胞也有显著的差异(文章通过这一点,合情合理的引出自己想做B细胞)原创 2023-01-04 13:53:15 · 761 阅读 · 0 评论 -
导读:21 世纪中叶的精准肿瘤学奇点?循环肿瘤细胞和单细胞测序?
Tips:组学时代的循环肿瘤细胞:我们离实现“奇点”还有多远?(Br J Cancer,IF:9.075),原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35273384/循环肿瘤细胞的生物学、脆弱性和临床应用(Nat Rev Cancer,IF:69.800),原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36494603/原创 2023-01-04 13:52:32 · 612 阅读 · 0 评论 -
(Research)深度迁移学习使循环肿瘤细胞的病变追踪成为可能
这篇文章总体思路非常值得借鉴,并且作者并没有强调他的模型能够直接使用在 CTC 溯源,只是强调了使用单细胞测序和深度学习能够使得困扰精准肿瘤学已久的重要问题——CTC 溯源成为了可能。但是,理论和实际相差甚远,这篇文章存在着两个极为致命的问题,使得我们虽然看见了 CTC 溯源的可能性,但是路途还是非常的遥远。在这项研究中,使用的数据都是经过高度浓缩提纯后的 CTC 数据,虽然模型中集成了背景去除器(准确率达到 100%)。原创 2022-12-29 14:13:32 · 600 阅读 · 1 评论 -
(Research)高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性
首先,我见识短浅我实在没看出来这篇文章到底为什么值得阅读我是真的硬着头皮读完了这篇文章,我实在无法学习到什么有用的东西请恕我愚钝在我看来,她之所以能发Cancer Cell,是因为她搞了个网址https://luca.icbi.at。原创 2022-11-19 06:21:31 · 572 阅读 · 0 评论 -
(Research)肝肿瘤免疫微环境亚型和中性粒细胞异质性
本研究对来自 124 名肝癌患者和 8 只小鼠的 189 个样本,合计超过 100 万个细胞进行了scRNA-seq。将患者分为五种 TIME 亚型,包括免疫激活、骨髓或基质细胞介导的免疫抑制、免疫排斥和免疫驻留表型。原创 2022-11-10 16:28:00 · 423 阅读 · 0 评论 -
(Research)泛癌单细胞分析揭示肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的异质性和可塑性
本研究对 10 种实体癌类型的 226 个样本进行泛癌分析,以单细胞分辨率分析 TME,说明异质癌症相关成纤维细胞 (CAF) 的共性/可塑性。原创 2022-11-09 16:23:18 · 480 阅读 · 0 评论 -
(纯文字版)靶向 HER2 阳性乳腺癌:进展和未来方向 Nature Reviwe Drug Discovery(一)
目前,先进的治疗策略已经显着改善患者的生存结果,譬如曲妥珠单抗、帕妥珠单抗以及最近的图卡替尼和曲妥珠单抗德鲁替康 (T-DXd)极大的改善了患者的预后。但是随着新的药物出现,低 HER2 表达的患者群体逐渐的出现,所以需要考虑其他诊断工具,进行更加精准的区分出该部分的患者群体。25 年前,第一个HER2靶向药物——曲妥珠单抗获得批准。高达 50% 的 HER2 + BC 患者发生脑转移,大尺寸的单抗药物无法通过 BBB,此时,拉帕替尼凭借其体积小和强大的抗 HER2 活性,给脑转移患者带来了福音。原创 2022-11-08 05:04:06 · 216 阅读 · 0 评论 -
(Research)结直肠癌与肝转移之间的免疫表型联系
对于 CRLM 样本,分别使用 10X 测序获取超过32 万个单细胞和 Smart-seq2 获取超过 5000 个单细胞,共鉴定出 78 个免疫细胞亚群。结合已发表的HCC数据和CRC数据,使用 SciBet 对细胞进行重新聚类和注释,进行多中心数据联合分析。原创 2022-11-08 00:06:21 · 339 阅读 · 0 评论 -
(文献随笔)关于乳腺癌脑转移文献合集(一)
乳腺癌脑转移原创 2022-10-26 10:29:34 · 272 阅读 · 0 评论 -
(文献随笔)时间单细胞转录组学和表观遗传学揭示了效应细胞、记忆细胞和耗尽CD8+ T细胞中共享和独特的生物回路(Nature Immunology, 2022年10月21日)
文章是前天刚发的,应该算得上是比较早的多组学时间单细胞转录组相关的文章吧文章的切入点是两年前的一篇 Cell 大子刊中提到的终末 T 细胞的亚群分类问题文章的 Title 讲的时生物回路,但是似乎在整片文章中,并没有太多的篇幅提及相关的内容通过结合单细胞转录组学和 ATAC 联合解析不同感染背景下的 T 细胞分化途径文章就是中间很大的篇幅在记录流水账,但是毕竟算是比较早做这个领域的文章了。如果主要是做免疫研究的话可以尝试阅读一下这篇文章推荐指数:3.5星。原创 2022-10-23 03:45:44 · 531 阅读 · 0 评论 -
(文献随笔)单细胞转录组体细胞拷贝数变异的单体型分析(Nature Biotechnology,2022 年 9 月 26 日
> [Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single -cell transcriptomes](https://doi.org/10.1038/s41587-022-01468-y)原创 2022-10-03 17:17:21 · 1260 阅读 · 0 评论 -
(文献随笔)肿瘤浸润的活化B细胞抑制结直肠癌的肝转移(Cell Report, 2022年8月30日)
理论上重轻链表达相近的时候,得分应该在1附近,从图可以看出,非转移组确实是这样的,但是在转移组中的说法就很多了,当值低于1的时候,到底是重链表达少了还是轻链表达多就说不清楚了。由于 IgG 分子的组装需要轻链和重链,该结果表明仅表达 IgG 重链的 iMPA 不会组装功能性IgG,从而导致免疫功能改变,进而与转移和预后不良有关。转移组和非转移组中B细胞比例差异较大,且活化的B细胞也有显著的差异(文章通过这一点,合情合理的引出自己想做B细胞)文章在后续的分析中,仅提取的成熟的B细胞和不成熟的B细胞进行研究。原创 2022-09-05 16:51:07 · 468 阅读 · 0 评论 -
晚期非小细胞肺癌肿瘤异质性和微环境的单细胞分析(Nature Communication, 2021年5月5日)
这篇文章是比较早的 focus 在肿瘤细胞的文章,讲实话确实下了一番功夫,但是确实肿瘤细胞不像免疫细胞,不仅存在肿瘤内异质性,也存在肿瘤间异质性。这种异质性会导致数据分析极为困难,并且现在也没有对应的工具(主要是我的文章还没发,不然就有工具可以用)能够进行深入的分析。还有就是如果有认识作者的人或者作者本人能看到这篇文章的话,得写一封信给编辑改一下图注。其他细节内容我就没怎么看。...原创 2022-08-15 17:32:30 · 550 阅读 · 0 评论 -
(文献随笔)解析未经治疗的人类黑色素瘤脑转移的生态系统 (Cell, 2022年7月7日)
文献导读原创 2022-08-14 18:24:06 · 500 阅读 · 0 评论 -
scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learning
scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learningNature Biotechnology2022/01/20https://www.nature.com/articles/s41587-021-01161-6#data-availabilityscJoint:基于迁移学习的标签转移模型。Motivationit has been noted that the原创 2022-02-12 02:28:22 · 982 阅读 · 0 评论 -
(文献导读 -002)基于病理图片的高效弱监督学习模型
(文献导读 -002)基于病理图片的高效弱监督学习模型https://doi.org/10.1038/s41551-020-00682-w发表在 Nature Biomedical EngineeringLaboratory background机构:哈佛大学医学院通讯作者:Faisal Mahmood主要工作:算法开发和流程搭建主要方向:生物信息学和整合基因组学,面向生物标记识别和数据整合这个课题组就在最近已经开发了 5 个项目,我打算一个个追踪,今天先介绍其原创 2021-05-16 15:39:40 · 755 阅读 · 1 评论