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生信分析上游流程
TTS56
1. 单细胞数据分析
2. 图像识别
3. 单细胞 + 深度学习
4. 数据可视化
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BD Rhapsody单细胞分析系统
SUM: BD 单细胞测序上游流程。原创 2022-08-29 15:08:47 · 1929 阅读 · 4 评论 -
RNA-seq
RNA-Seq前期准备设置代理alias proxy='export all_proxy=socks5://127.0.0.1:1086'alias unproxy='unset all_proxy'proxycurl cip.cc环境创建# 创建名为rna的软件安装环境# 查看当前conda环境# 激活conda的rna环境# 注销当前的rna环境conda info --envs source activate base #source deactivate原创 2021-11-01 11:41:27 · 226 阅读 · 0 评论 -
10X_cellranger 流程
总的来说,Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrunmake fastq几乎用不到,并且跑一次需要三五天# 第一种$ cellranger mkfastq --id=bcl \ --run=/path/to/bcl \原创 2021-02-24 11:42:37 · 1033 阅读 · 0 评论 -
参考基因组下载和建立索引
参考基因组下载和建立索引下载的小鼠基因组cd ~/bioreferencemkdir -p genome/mm10 && cd genome/mm10nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz &tar zvfx chromFa.tar.gzcat *.fa > mm10.farm chr*.fa下载hg19:cd ~/biorefer原创 2021-11-01 11:36:08 · 7444 阅读 · 0 评论 -
Smart-seq2 转 Count 矩阵
# Global variable# Tips:# This pipline is use to get the scRNA-seq expression Matrix from Smart-seq2 fastq files.# # Date: 2021-10-04 10:10:11# Best Regards, # Yuan.Sh (Major in Bioinfomatics & Deep-learning)# ------------------------原创 2021-10-05 15:53:12 · 1031 阅读 · 0 评论 -
生物信息学个人电脑系统配置(Ubuntu 20.04)
生物信息学个人电脑系统配置(Ubuntu 20.04)起因:本人目前研二在读(明年就转博士了),去年配了一台电脑, 准备认真的搞搞深度学习和生物信息领域阶的结合。但是由于一些原因导致我不得不先使用 Windos 系统一段时间。讲实话,大半年的使用让我的体验感很差,因为我没有打游戏也没有别的娱乐。手头上已经有一套 MBP 但是奈何 MAC 不支持 CUDA 导致我只能自己组一台。并且由于种种原因(其中最大的原因就是生信大部分的上游流程都只能在 linux 或者 MAC 系统下跑),虽然尝试过 WSL 但是原创 2021-03-04 17:02:59 · 4520 阅读 · 1 评论 -
(DownLoad)Aspera——ascp下载SRA数据
下载Aspera Connect:> 软件安装下载的方式有两种第一种,直接从官网下载,然后解压安装(mac电脑我用的是这一种)curl -O http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gztar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz# 这里要注意一下,我使用的是zsh编译,如果是正原创 2021-02-25 00:32:09 · 1784 阅读 · 0 评论