生物医学深度学习实战
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1. 单细胞数据分析
2. 图像识别
3. 单细胞 + 深度学习
4. 数据可视化
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python常用代码汇总
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352690273原创 2021-04-23 15:40:21 · 5463 阅读 · 0 评论 -
(2021-04-15)pytorch语义分割实战——kaggle+胶质瘤MRI-Segmetation
***Created on 2021-04-14 22:48:45***Title: "胶质瘤肿瘤细胞边界识别" Date: "2021-04-14" Tips : 本次使用的数据集是来自TCGA-LGG的数据,代码参考[kaggle](https://www.kaggle.com/bonhart/brain-mri-data-visualization-unet-fpn) Best Regards, Yuan.SHPlease contact with me via followi原创 2021-04-27 10:20:32 · 3224 阅读 · 3 评论 -
(Pytorch)inceptionResNet 网络架构
(Pytorch)inceptionResNet 网络架构——实战经过前两个礼拜的多次尝试,发现如果想要使用单一模型预测效果很差。因此考虑使用双模型分步预测,Model1的主要功能是预测imgs是否有包含状态信息;Model2的主要功能是通过预测时间(回归)。使用inception-resnet作为训练的基础框架构建 Model 1inception-Resnet 的主体结构如图:[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-vD8xct8V-16191639066原创 2021-04-23 15:48:49 · 846 阅读 · 0 评论 -
python 多线程数据处理——处理图片获取时间,提取正面xray图片
初始化设置# common utils import osimport mathimport itertoolsimport warningsimport numpy as npimport pandas as pdfrom collections import Counterimport multiprocessingimport pydicom # 用于读取dcm文件import glob import scipy.misc import functools # pytorc原创 2021-04-22 16:57:35 · 345 阅读 · 1 评论 -
python-多线程数据处理(一)——将dicom数据转化为jpg文件输出头文件
初始化设置# common utils import osimport mathimport itertoolsimport warningsimport numpy as npimport pandas as pdfrom collections import Counterimport multiprocessingimport pydicom # 用于读取dcm文件import glob import scipy.misc import functools # pytorc原创 2021-04-22 16:56:47 · 390 阅读 · 0 评论 -
基于 python 实现 MCMC
阿里云云栖号:用Python实现马尔可夫链蒙特卡罗zhuanlan.zhihu.com初始化配置# pandas and numpy for data manipulationimport pandas as pdimport numpy as np# scipy for algorithmsimport scipyfrom scipy import stats# pymc3 for Bayesian Inference, pymc built on timport pymc3 as原创 2021-02-25 00:34:09 · 2822 阅读 · 2 评论 -
新冠肺炎CT辅助诊断文献实战-01
新冠肺炎CT辅助诊断文献实战-01https://www.nature.com/articles/s41551-020-00633-52020年11月,华中科技大学发表在Nature Biomedical Engineering如果不想看文献的话可以看我写的文献导读(文献导读001)基于图像识别技术的cov19辅助诊断 - 知乎 (zhihu.com)建议还是看一下,文章不难,我也只用了30分钟就大概的看了一遍由于上一个系列——深度学习与单细胞,我自己在写教程运行的过程中发现了一系列的问题导致原创 2021-02-25 00:33:56 · 1050 阅读 · 1 评论 -
(深度学习)基于图像识别技术的cov19辅助诊断
(深度学习)基于图像识别技术的cov19辅助诊断https://www.nature.com/articles/s41551-020-00633-52020年11月,华中科技大学发表在Nature Biomedical Engineering预备知识:这个背景知识还不懂的同学请自觉去教务处办理退学手续然后这篇文章做的内容是基于新型冠状病毒的CT图片加上患者的临床特征(CF)构建深度学习模型进行辅助诊断样本构成用于CT筛选评估,手动注释的数据有19,685 ,其中*5705* 例NiCT,原创 2021-02-25 00:33:45 · 839 阅读 · 0 评论 -
新冠肺炎CT辅助诊断文献实战-02
接着上一讲的内容,上一讲已经把第一个模型训练完毕。该模型的主要作用就是将CT图像分为三种类型NiCT:无用CT图片;pCT:潜在的可能与cov19相关的图片;nCT:与cov19无关的图片;然后我们现在就要将这个模型运用在cohort1和cohort2的模型中# load model # the model and initial setting save in VGG_Simple.py from VGG_Simple import * %matplotlib inline%co原创 2021-02-25 00:33:30 · 464 阅读 · 1 评论