参考基因组下载和建立索引

最新推荐文章于 2024-04-27 06:37:07 发布
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分类专栏： 生信分析上游流程 文章标签： bash 开发语言
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版权

参考基因组下载和建立索引

下载的小鼠基因组
cd ~/bioreference
mkdir -p  genome/mm10  && cd genome/mm10
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz  &
tar zvfx chromFa.tar.gz
cat *.fa > mm10.fa
rm chr*.fa

下载hg19：
cd ~/bioreference
mkdir -p genome/hg19  && cd genome/hg19
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &
tar zvfx chromFa.tar.gz
cat *.fa > hg19.fa
rm chr*.fa

下载hg38
cd ~/bioreference
mkdir -p genome/hg38  && cd genome/hg38
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz  &

bowtie软件建立索引文件
cd ~/bioreference
mkdir -p index/bowtie && cd index/bowtie
nohup time ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build  ~/reference/genome/hg19/hg19.fa  ~/reference/index/bowtie/hg19 1>hg19.bowtie_index.log 2>&1 &
nohup time ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build  ~/reference/genome/hg38/hg38.fa  ~/reference/index/bowtie/hg38 1>hg38.bowtie_index.log 2>&1 &
nohup time ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build  ~/reference/genome/mm10/mm10.fa  ~/reference/index/bowtie/mm10 1>mm10.bowtie_index.log 2>&1 &


bwa软件建立索引文件

cd ~/bioreference
mkdir -p index/bwa && cd index/bwa
nohup time bwa index   -a bwtsw   -p ~/bioreference/index/bwa/hg19  ~/bioreference/genome/hg19/hg19.fa 1>hg19.bwa_index.log 2>&1   &
nohup time bwa index   -a bwtsw   -p ~/bioreference/index/bwa/hg38  ~/bioreference/genome/hg38/hg38.fa 1>hg38.bwa_index.log 2>&1   &
nohup time bwa index   -a bwtsw   -p ~/bioreference/index/bwa/mm10  ~/bioreference/genome/mm10/mm10.fa 1>mm10.bwa_index.log 2>&1   &


hisat软件建立索引文件
cd ~/reference
mkdir -p index/hisat && cd index/hisat
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz  &
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg38.tar.gz  &
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/grcm38.tar.gz &
tar zxvf hg19.tar.gz
tar zxvf grcm38.tar.gz
tar zxvf hg38.tar.gz

常用注释文件

# human genome reference 
# md5sum hg19.fa 806c02398f5ac5da8ffd6da2d1d5d1a9
cd /media/yuansh/14THHD/reference
mkdir -p genome/hg19  && cd genome/hg19 
nohup wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz &

 
# md5sum hg38.fa 1c9dcaddfa41027f17cd8f7a82c7293b
cd /media/yuansh/14THHD/reference
mkdir -p genome/hg38  && cd genome/hg38 
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz  &

# bowtie
cd /media/yuansh/14THHD/reference
mkdir -p index/bowtie && cd index/bowtie 
nohup time /media/yuansh/14THHD/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build  /media/yuansh/14THHD/reference/genome/hg19/hg19.fa  /media/yuansh/14THHD/reference/index/bowtie/hg19 1>hg19.bowtie_index.log 2>&1 &
nohup time /media/yuansh/14THHD/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build  /media/yuansh/14THHD/reference/genome/hg38/hg38.fa  /media/yuansh/14THHD/reference/index/bowtie/hg38 1>hg38.bowtie_index.log 2>&1 &
nohup time /media/yuansh/14THHD/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build  /media/yuansh/14THHD/reference/genome/mm10/mm10.fa  /media/yuansh/14THHD/reference/index/bowtie/mm10 1>mm10.bowtie_index.log 2>&1 &

# bwa
cd /media/yuansh/14THHD/reference
mkdir -p index/bwa && cd index/bwa 
nohup time /media/yuansh/14THHD/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index   -a bwtsw   -p /media/yuansh/14THHD/reference/index/bwa/hg19  /media/yuansh/14THHD/reference/genome/hg19/hg19.fa 1>hg19.bwa_index.log 2>&1   &
nohup time /media/yuansh/14THHD/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index   -a bwtsw   -p /media/yuansh/14THHD/reference/index/bwa/hg38  /media/yuansh/14THHD/reference/genome/hg38/hg38.fa 1>hg38.bwa_index.log 2>&1   &
nohup time /media/yuansh/14THHD/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index   -a bwtsw   -p /media/yuansh/14THHD/reference/index/bwa/mm10  /media/yuansh/14THHD/reference/genome/mm10/mm10.fa 1>mm10.bwa_index.log 2>&1   &

# hista
cd /media/yuansh/14THHD/reference
mkdir -p index/hisat && cd index/hisat 
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz  &
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg38.tar.gz  &
tar zxvf hg19.tar.gz
tar zxvf hg38.tar.gz

  
  
mkdir -p /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/ExAC
cd /media/yuansh/14THHD/reference/annotation/variation/human/ExAC
## http://exac.broadinstitute.org/
## ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/ExAC_release/current
wget ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/ExAC_release/release1/ExAC.r1.sites.vep.vcf.gz.tbi 
nohup wget ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/ExAC_release/release1/ExAC.r1.sites.vep.vcf.gz &
wget ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/ExAC_release/current/cnv/exac-final-cnv.gene.scores071316 
wget ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/ExAC_release/current/cnv/exac-final.autosome-1pct-sq60-qc-prot-coding.cnv.bed
 
 

## https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/
## ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b147_GRCh38p2/
## ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b147_GRCh37p13/

mkdir -p /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/dbSNP/hg19_GRCH37
cd /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/dbSNP/hg19_GRCH37

# md5sum vcf.gz  4f696650bbc5b34270a8a9727120a0e3
nohup wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh37p13/VCF/All_20180423.vcf.gz &
nohup wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh37p13/VCF/All_20180423.vcf.gz.md5
nohup wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh37p13/VCF/All_20180423.vcf.gz.tbi &

mkdir -p /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/dbSNP/hg38_GRCH38
cd /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/dbSNP/hg38_GRCH38
nohup wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh38p7/VCF/All_20180418.vcf.gz &
nohup wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh38p7/VCF/All_20180418.vcf.gz.md5 &
nohup wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh38p7/VCF/All_20180418.vcf.gz.tbi &



mkdir -p /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/1000genomes
cd /media/yuansh/14THHD/annotation/variation/human/1000genomes 
## ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/ 
nohup wget  -c -r -nd -np -k -L -p  ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502 &
s
 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/ESP6500
cd ~/annotation/variation/human/ESP6500
# http://evs.gs.washington.edu/EVS/
nohup wget http://evs.gs.washington.edu/evs_bulk_data/ESP6500SI-V2-SSA137.GRCh38-liftover.snps_indels.vcf.tar.gz & 
 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/UK10K
cd ~/annotation/variation/human/UK10K
# http://www.uk10k.org/
nohup wget ftp://ngs.sanger.ac.uk/production/uk10k/UK10K_COHORT/REL-2012-06-02/UK10K_COHORT.20160215.sites.vcf.gz & 
 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/gonl
cd ~/annotation/variation/human/gonl
## http://www.nlgenome.nl/search/
## https://molgenis26.target.rug.nl/downloads/gonl_public/variants/release5/
nohup wget  -c -r -nd -np -k -L -p  https://molgenis26.target.rug.nl/downloads/gonl_public/variants/release5  &
 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/omin
cd ~/annotation/variation/human/omin
 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/GWAS
cd ~/annotation/variation/human/GWAS
 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/hapmap
cd ~/annotation/variation/human/hapmap
# ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/phase_3/relationships_w_pops_051208.txt 
nohup wget -c -r -np -k -L -p  -nd -A.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/phase_3/hapmap3_reformatted &
# ftp://ftp.hgsc.bcm.tmc.edu/pub/data/HapMap3-ENCODE/ENCODE3/ENCODE3v1/
wget ftp://ftp.hgsc.bcm.tmc.edu/pub/data/HapMap3-ENCODE/ENCODE3/ENCODE3v1/bcm-encode3-QC.txt 
wget ftp://ftp.hgsc.bcm.tmc.edu/pub/data/HapMap3-ENCODE/ENCODE3/ENCODE3v1/bcm-encode3-submission.txt.gz
 
## 1 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) for DNA samples from each of the three ethnic groups in Singapore – Chinese, Malays and Indians.
## The Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0   && The Illumina Human1M single BeadChip 
## http://www.statgen.nus.edu.sg/~SGVP/
## http://www.statgen.nus.edu.sg/~SGVP/singhap/files-website/samples-information.txt
# http://www.statgen.nus.edu.sg/~SGVP/singhap/files-website/genotypes/2009-01-30/QC/
 
## Singapore Sequencing Malay Project (SSMP) 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/SSMP
cd ~/annotation/variation/human/SSMP
## http://www.statgen.nus.edu.sg/~SSMP/
## http://www.statgen.nus.edu.sg/~SSMP/download/vcf/2012_05 
 
## Singapore Sequencing Indian Project (SSIP) 
mkdir -p ~/annotation/variation/human/SSIP
cd ~/annotation/variation/human/SSIP
# http://www.statgen.nus.edu.sg/~SSIP/
## http://www.statgen.nus.edu.sg/~SSIP/download/vcf/dataFreeze_Feb2013
  
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz 
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-86/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz 
 
mkdir -p ~/reference/gtf/gencode
cd  ~/reference/gtf/gencode
## https://www.gencodegenes.org/releases/current.html
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.2wayconspseudos.gtf.gz
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.long_noncoding_RNAs.gtf.gz 
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.polyAs.gtf.gz 
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gtf.gz 
## https://www.gencodegenes.org/releases/25lift37.html 
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/GRCh37_mapping/gencode.v25lift37.annotation.gtf.gz 
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/GRCh37_mapping/gencode.v25lift37.metadata.HGNC.gz 
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/GRCh37_mapping/gencode.v25lift37.metadata.EntrezGene.gz 
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/GRCh37_mapping/gencode.v25lift37.metadata.RefSeq.gz 
 
mkdir -p ~/reference/gtf/ensembl/homo_sapiens_86
cd  ~/reference/gtf/ensembl/homo_sapiens_86
## http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html
 
cd ~/reference
mkdir -p  genome/GRCh38_reference_genome  && cd genome/GRCh38_reference_genome
# http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/ 

nohup wget http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/GRCh38_full_analysis_set_plus_decoy_hla.fa

wget http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/GRCh38_full_analysis_set_plus_decoy_hla.fa.fai
wget http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/GRCh38_full_analysis_set_plus_decoy_hla.dict
 
## ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/
mkdir -p ~/annotation/GATK
cd ~/annotation/variation/GATK
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/1000G_phase1.snps.high_confidence.b37.vcf.gz 
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/dbsnp_138.b37.vcf.gz
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/human_g1k_v37.fasta.gz 
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.sites.vcf.gz
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf.gz 
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/hapmap_3.3.b37.vcf.gz
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/1000G_phase1.indels.b37.vcf.gz 
wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/b37/1000G_phase1.indels.b37.vcf.idx.gz
gunzip 1000G_phase1.indels.b37.vcf.idx.gz
gunzip 1000G_phase1.indels.b37.vcf.gz
    
mkdir -p  ~/institute/ENSEMBL/gtf
cd  ~/institute/ENSEMBL/gtf
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz 
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm38.87.chr.gtf.gz
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/danio_rerio/Danio_rerio.GRCz10.87.chr.gtf.gz
  
cd ~/institute/TCGA/firehose
## https://gdac.broadinstitute.org/
wget http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2016_01_28/data/ACC/20160128/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_snp__genome_wide_snp_6__broad_mit_edu__Level_3__segmented_scna_minus_germline_cnv_hg19__seg.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz  -O ACC.gistic.seg.tar.gz
wget http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2016_01_28/data/ACC/20160128/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_snp__genome_wide_snp_6__broad_mit_edu__Level_3__segmented_scna_hg19__seg.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz  -O ACC.raw.seg.tar.gz 
wget http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2016_01_28/data/ACC/20160128/gdac.broadinstitute.org_ACC.Mutation_Packager_Calls.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz -O ACC.maf.tar.gz
wget http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2016_01_28/data/ACC/20160128/gdac.broadinstitute.org_ACC.Mutation_Packager_Oncotated_Calls.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz -O ACC.maf.anno.tar.gz

SSH 传输文件

在linux下一般用scp这个命令来通过ssh传输文件。

#1、从服务器上下载文件
scp username@servername:/path/filename /var/www/local_dir（本地目录）

 #例如scp root@192.168.0.101:/var/www/test.txt 把192.168.0.101上的/var/www/test.txt 的文件下载到/var/www/local_dir（本地目录）



#2、上传本地文件到服务器
scp /path/filename username@servername:/path  

#例如scp /Users/yuansh/Desktop/1.pdf yuansh@192.168.1.153:/mnt/c/Users/yuansh/Desktop

 

#3、从服务器下载整个目录
scp -r username@servername:/var/www/remote_dir/（远程目录） /var/www/local_dir（本地目录）

#例如:scp -r yaunsh@192.168.0.153:/mnt/c/Users/yuansh/Desktop/data/U /Users/yuansh/Desktop  

#4、上传目录到服务器
scp -r local_dir username@servername:remote_dir
#例如：scp -r test  root@192.168.0.101:/var/www/  把当前目录下的test目录上传到服务器的/var/www/ 目录

GATK软件安装

搜索github，自行下载最新版本

Releases · broadinstitute/gatk (github.com)

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-K4AAXwTD-1635737746121)(…/image/image-20201211204436619.png)]

右键点击复制链接然后下载

cd biosoft
proxy_on # 开启终端代理
wget -c https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.9.0/gatk-4.1.9.0.zip
# 因为我安装了zsh，如果是bash的话，请使用unzip
# 如果没有unzip，则先下载 
# sudo apt install unzip
x gatk-4.1.9.0.zip
mv gatk-4.1.9.0 gatk #改一下名字

#添加环境变量
vim ~/.zshrc 
export PATH=/home/yuansh/biosoft/gatk:$PATH
# 运行显示下面的东西则安装完毕
gatk

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-xN7mUJTM-1635737746126)(…/image/image-20201211210243279.png)]

TTS56
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基因是控制生物性状的遗传信息，通常由 DNA（Deoxyribonucleic Acid，脱氧核糖核酸）序列来承载。基因也可视作基本遗传单位，即一段具有功能性的 DNA或RNA（Ribonucleic Acid，核糖核酸）序列。大千世界的万物生长都遵循生命中心法则，受控于生命的遗传密码-基因组，这是生命科学的最基本的法则。基因组从含有30 亿对碱基的受精卵形成开始，决定并影响着人的生老病死。要揭示生命的奥秘，就必须从基因组开始，贯穿生命中心法则，进行动态和系统的研究。
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【转】东北林大《Plant cell》报道木质素研究新发现 GFF1、GFF2、GFF3格式 Bowtie和Bowtie2使用  2014-03-27 15:56:44|  分类： 生信分析软件 |  标签： |举报 |字号大中小 订阅 bowtie 比对 http://bowtie-bio.sourceforge.n
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日本晴参考基因组
12-11
粳稻参考基因组日本晴主要常用的有两个版本， 分别为The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和 Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU） ...
基因组组装与注释流程 .ppt
12-01
简要介绍了基因组组装和注释流程，可以用于系统自学和培训
基因组学概论
03-02
基因组学概论ppt
RGAAT:基于参考的基因组组装和新基因组的注释-开源
04-29
序列变异文件（VCF格式或五个coloum表（制表符分隔，包括染色体，位置，id，参考），为新的基因组和已知的基因组升级装配和/或注释基因组等位基因和替代等位基因））或基于参考基因组序列文件（FASTA格式）和注释...
Linux已安装virtualenv 但还是报 bash: virtualenv: command not found 错误原因及解决
weixin_44131922的博客
04-26 672
在 linux 上已经安装了python和 virtualenv ，但是直接执行 virtualenv 相关的指令创建虚拟环境还是失败并且报错 bash: virtualenv: command not found。find 后的/user/local为指定的查找路径，可以自行替换 ，会出现很多结果列表 仔细辨认，正确的那一个最后只有 virtualenv 这一个名 没有其他前后缀。最后一段基本是固定的 第一段路径为我们找到的路径。
中移在线ChinaMobile系统单机和分布式应用的登录校验解决方案
不积跬步，无以至千里；不积小流，无以成江河。
04-27 2002
单机tomcat应用登录校验： 用户首次登录成功后，服务端会创建一个session会话，客户端会生成一个sessionid，客户端会把sessionid保存到cookie里，每次请求都携带这个sessionid，服务端通过校验来判断是拦截还是放行 分布式应用中session共享登录校验： 真实的应用不可能单节点部署，所有就有多个节点登录session共享的问题需要解决。tomcat支持session共享，但是有广播风暴;尤其用户量大的时候，占用资源严重。 推荐使用Redis来存储token：..
基于matlab实现的空间调制通信过程，包含信号调制、天线选择等发送过程，以及采用最大似然估计的检测过程 .rar
最新发布
05-02
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基于matlab的关于生猪养殖场经营管理的研究.docx
05-02
本文档是课题研究的研究报告内含调研以及源码设计以及结果分析
网络作为特征提取器-python源码.zip
05-02
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JavaScript-javaweb项目
05-02
JavaScript-javaweb项目
node-v12.11.0-linux-arm64.tar.xz
05-02
Node.js，简称Node，是一个开源且跨平台的JavaScript运行时环境，它允许在浏览器外运行JavaScript代码。Node.js于2009年由Ryan Dahl创立，旨在创建高性能的Web服务器和网络应用程序。它基于Google Chrome的V8 JavaScript引擎，可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS X等操作系统上运行。 Node.js的特点之一是事件驱动和非阻塞I/O模型，这使得它非常适合处理大量并发连接，从而在构建实时应用程序如在线游戏、聊天应用以及实时通讯服务时表现卓越。此外，Node.js使用了模块化的架构，通过npm（Node package manager，Node包管理器）,社区成员可以共享和复用代码，极大地促进了Node.js生态系统的发展和扩张。 Node.js不仅用于服务器端开发。随着技术的发展，它也被用于构建工具链、开发桌面应用程序、物联网设备等。Node.js能够处理文件系统、操作数据库、处理网络请求等，因此，开发者可以用JavaScript编写全栈应用程序，这一点大大提高了开发效率和便捷性。 在实践中，许多大型企业和组织已经采用Node.js作为其Web应用程序的开发平台，如Netflix、PayPal和Walmart等。它们利用Node.js提高了应用性能，简化了开发流程，并且能更快地响应市场需求。
为什么ensemble下载的参考基因组文件建立不了索引
06-13
如果你下载的参考基因组文件无法建立索引，有可能是因为文件格式不兼容或者文件内容有误。在建立索引的过程中，软件需要读取基因组文件中的序列信息，并将其转换为索引格式。如果文件格式不正确或者文件中的序列数据有误，那么就无法成功建立索引。 另外，也有可能是你使用的建立索引的软件不支持该参考基因组文件的格式。不同的基因组文件可能采用不同的格式，因此需要使用相应的软件进行处理。 建议你检查一下参考基因组文件的格式是否正确，并尝试使用不同的软件或版本进行索引建立。如果问题仍然存在，可以尝试下载其他版本的参考基因组文件，或者咨询相关领域的专业人士获取帮助。

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