最近在学习医学影像处理软件FSL,主要是处理脑影像方面的处理。
软件官网https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
先说一下正常的方法以及不建议使用的原因:
官网给出了安装方法,先下载一个py文件,然后终端输入命令安装。
这种方法需要在python2.*的环境下安装,输入指令后安装。
这种方法是官方给的,但我尝试多次后不可行。因为下载的文件有近4G大小,外网下载速度非常慢,往往1%下载不到就不断报错,报错5次左右后,会提示安装失败。
前前后后花了很长时间在安装上,期间网上各种的方法基本全试过了,版本都低,均为5.0.*版本的,或者就是照抄官网教程,但根本不可行,下载速度非常慢而且总是失败。
下面是我亲测的安装方式,可以安装最新的6.0.3版本:
在虚拟机中运行的Ubuntu 14.04系统,之所以没有使用比较新的16.04和18.04,考虑到这两个自带的python版本较高,切换到python2.*比较麻烦,就省事用14.04。后面还会测试在16.04版本系统下的安装。
一、下载软件包
下载地址:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-6.0.3-centos6_64.tar.gz
把地址输入到浏览器地址栏就会弹出下载,可以选择迅雷等工具下载。
这里显示的是CentOS系统的安装包,但不用注意这点,实测在Ubuntu下也可以使用。
这里注意,使用迅雷下载较慢,使用迅雷会员后仍然非常慢,要下十个小时左右。
我使用的是百度云下载,在迅雷里该任务上,右键->复制下载链接。
然后打开百度云,打开离线下载,
在下拉菜单里选新建下载,吧链接粘贴进去(其实就是上面给的下载链接)
先使用百度云下载到网盘中,因为是云上下载,速度非常快,实测几秒就可以下载到网盘里。
然后下载到本地。建议使用百度云会员下载,速度近10m/s,十分钟就下载到本地,速度非常快!
下载后,使用双系统的同学可以拿u盘拷贝,使用虚拟机的同学可以使用VMTools拷贝到虚拟机中,相关教程很多,这里不再赘述。
二、安装
解压缩到要安装的文件夹。推荐和我一样解压缩到/usr/local目录下
有可能会出现权限不足的问题无法解压缩,可以在usr目录中打开终端,输入
sudo chmod -R 777 local
输入密码后,打开权限
因为我在运行FIRST部分的数据时,出现问题,官网的教程中给出提示,如果安装目录不为/usr/local会出现出问题
三、配置环境变量
因为我这是新的系统,没有vim,这里就使用最原始的办法。
打开主文件夹,然后 Ctrl+h 显示隐藏文件,找到.bashrc
打开,在文件末尾粘贴如下,然后保存
export FSLDIR=/usr/local/fsl
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh
如图所示:
如果安装路径和我不同,那就更改相应的路径,最终都指向fsl.sh文件就行。
最后终端输入fsl即可打开软件,确定安装的是6.0.3版本
到此安装成功。
如果有帮到你,请收藏!