复现《nature communications》图表（一）：一模一样的Figure1

近期，看到一篇发表在NC上的文章，是关于新冠多组学的文章，因为看到这篇文章提供了详细的数据，所以对其进行复现下，从nature子刊出发，循序渐进。读这篇文献我们也应该感受到，现如今发文章要这么多个组学（全转录组、蛋白组、代谢组、全基因组）才能发出好文章。

（图片来源：文章截图）

本次复现系列分为五个部分：

• 模式图与柱状图

• 批量箱线图并加显著性

• 样本时间序列图

• 多组GO分析气泡图

• GWAS基本数据作图

复现这些部分主要是这些图值得我们学习，也是这篇文章中的一些主要内容。当然，除此之外的部分也值得去深究，单会在下一个系列---转录组系列体现。敬请期待！！！

首先看Figure1，看起来很简单，但是有很多东西能够学习，小编也能为大家拓展介绍更多内容。包括---模式图制作、韦恩图和柱状图制作！

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1、模式图

其实NC文章这个模式图很简单，涉及到4个图形，人、DNA、RNA和密度图的模式图，网上找素材或者自己画都比较简介。不过这里小编要介绍的是一个SCI论文专用的模式图素材库，能够满足你所有的需求。

网址：https://scidraw.io/

                                    （图片来源：网站截图）

网站首页已经显示了常用的一些素材，如果需要则自己搜索，因为是外文网站，所以搜索关键词要用英语。在搜索前，勾选vectors only，检索的就是矢量图，下载后导入AI修饰。

虽然网站免费，但是如果使用请注明来源和引用或者致谢，尊重知识产权！

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2、韦恩图

韦恩图就不多说了，有很多在线工具可以实现，可以检索一下，不一定非要用R语言，不然只会增加自己工作量。这里列举几个常见的：

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

http://www.biovenn.nl/index.php

http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn4.cgi

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

3、柱状图的实现

做柱状图的数据很简单，整理下一下如下：

文章中的柱状图是用barplot化的，比较简单。

setwd("D:/生物信息学")#设置工作路径
A <- read.csv("普通柱状图.csv",header = T)#读取数据
barplot(A$number~A$Group,#画图数据及x轴分组
        ylab="Increased",#y轴title
        col="red", #柱状图颜色
        main="mRNAs",#柱状图title
        border = "white")#柱状边框颜色

结果如下，可以说与文章里的图片一摸一样。

如果说到这里文章结束了，那么也太草率了，接下来我们利用ggplot2画一下柱状图，毕竟ggplot2是画图界的天花板。使用ggplot2一方面巩固之前的一些内容，第二对于后续的内容理解上会有帮助。

library(ggplot2)
ggplot(A,aes(x=Group,y=number,fill="red"))+
  theme_bw()+#去掉背景色
  geom_bar(stat="identity")+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 10,angle = 90,vjust = 1,hjust = 1))+ #x轴元素大小、方向设置
  theme(legend.position = "NA")+#取消legend
  labs(x=NULL,y="Increased",size=10,title = "mRNAs")+#x，y，titile设置
  theme(panel.grid = element_blank())+#去掉网格
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))#标题居中

 

看到这里相信大家发现一个问题，x轴组别的排序和文章中不一样，也和我们提供的顺序不一样，这是因为ggplot默认按照首字母排序的，所以需要解决这个问题。使用forcats包将其转化为因子，进行固定排序即可！

install.packages("forcats") 
library(forcats)
A$Group <- as.factor(A$Group)
A$Group <- fct_inorder(A$Group)

 

这样重新画图就解决了，记住这一点能够解决不少烦恼。

其他图的画法和这个一样，依次完成，然后排版即可