复现NC文章华夫图(方块图)华丽展示实验样本构成

样本构成是实验的开端，也是后续分析的基础，所以样本信息在论文中需要详细展示，涉及到你实验的真实性和可重复性。一般样本构成可以使用AI做示例图，有些临床采样，可以使用柱状体的方式展示，我们之前讲过一种。最近在NC文章中看到用华夫图表示样本的构成，感觉效果很好，这里复现一下。原文图如下：

image.png

（Single cell analysis of cribriform prostate cancer reveals cell intrinsic and tumor microenvironmental pathways of aggressive disease）
我的复现结果（一模一样）：

image.png

根据原图自己设置一个作图文件，很简单，读入文件加载R包：

install.packages("waffle")
library(waffle)
library(ggwaffle)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyverse)
library(reshape2)
library(forcats)
setwd("D:/KS项目/公众号文章/华夫图")
A <- read.csv("华夫图.csv", header = T, 
              stringsAsFactors = T, 
              fileEncoding = 'GBK')

数据转化、设置因子顺序：

df=melt(A,id="patient")
df$variable <- as.factor(df$variable)
df$variable <- fct_inorder(df$variable)#x轴因子顺序不变
colnames(df)
df$patient <- as.factor(df$patient)
df$patient <- fct_rev(df$patient)#y轴逆序，保持与文章一致

设定对应颜色：

col_group <- setNames(c("#B5C8E8",
                        "#4475C7",
                        "#1A3564",
                        "#F2B900",
                        "#FFE79A",
                        "#CD9AFF",
                        "#00B1F0",
                        "#C6E1B5",
                        "#79B84C"),
                        c('Grade Group2',
                          'Grade Group3',
                          "Grade Group5",
                          "PSA<10ng/ml",
                          "PSA>10ng/ml",
                          "Present",
                          "Absent",
                          "≤ pT3a",
                          "≥ pT3a"))

ggplot结合waffle作图，复刻一模一样：

ggplot(df, aes(variable, patient, fill = value)) + 
  geom_waffle()+
  theme(panel.background = element_blank(),
    axis.title = element_blank(),
    axis.ticks = element_blank(),
    legend.title = element_blank(),
    legend.position = "right",
    axis.text.x = element_text(color = 'black',angle = 45, 
                               size = 12,hjust = 0,vjust = 0.1),
    axis.text.y = element_text(color = 'black',size = 12))+
  scale_fill_manual("",values = col_group)+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(size=10),
                             label.position ='left',
                             label.theme = element_text(size = 12)))

 

image.png

也可以设置圆形：

ggplot(df, aes(variable, patient, color = value)) + 
  geom_waffle(tile_shape='circle', size=8)+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        legend.title = element_blank(),
        legend.position = "right",
        axis.text.x = element_text(color = 'black',angle = 45, 
                                   size = 12,hjust = 0,vjust = 0.1),
        axis.text.y = element_text(color = 'black',size = 12))+
  scale_color_manual("",values = col_group)+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(size=8),
                             label.position ='left',
                             label.theme = element_text(size = 12)))

 

image.png

好了，这就是今天的内容了，作图数据和注释代码已上传群文件！我又突然想起一个事情，这样的方块图也不仅仅展示样本，还可以作为其他图的注释配合使用，真是不错。感兴趣的探索一下，用在自己文章吧！更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》！