Python写的调用Gromacs分子动力学MD的命令行参数选项解析函数

代码如下：

def parse_systems(systems_json, systems_user, source_path,
                  analyze_only):
    # Parse json
    # As the order of the systems and the tests
    # might be meaningful, we need ordered dicts!
    system_list = json.load(systems_json)
    system_dict = OrderedDict()
    for system in system_list:
        system_name = system['name']
        system_dir = system['dir']
        # do the input files exist? (only relevant if we're not only analyzing)
        if not analyze_only:
            input_dir = os.path.join(source_path, system_dir, 'input')
            if not (os.path.isdir(input_dir) and
                    os.path.exists(os.path.join(input_dir, 'system.mdp')) and
                    os.path.exists(os.path.join(input_dir, 'system.top')) and
                    os.path.exists(os.path.join(input_dir, 'system.gro'))):
                raise ValueError('System ' + system_name + ' in ' +
                                 systems_json.name + ': Input files not found')
        # no need to run systems that we don't test
        if 'tests' not in system:
            raise ValueError('System ' + system_name + ' in ' +
                             systems_json.name + ' has no tests defined')
        test_list = system['tests']
        system['tests'] = OrderedDict()
        for test in test_list:
            test_name = test['test']
            if test_name not in all_tests:
                raise ValueError('Test ' + test_name + ' in ' +
                                 systems_json.name + ' is not a valid test')
            if test_name not in system['tests']:
                if 'args' in test:
                    test['args'] = [test['args'].split()]
                else:
                    test['args'] = [[]]
                system['tests'][test_name] = test
            else:
                if 'args' in test:
                    system['tests'][test_name]['args'].append(test['args'].split())
                else:
                    system['tests'][test_name]['args'].append([])

        system_dict[system_name] = system
        # add standard arguments
        if 'grompp_args' not in system:
            system['grompp_args'] = []
        else:
            system['grompp_args'] = system['grompp_args'].split()
        if 'mdrun_args' not in system:
            system['mdrun_args'] = []
        else:
            system['mdrun_args'] = system['mdrun_args'].split()

    # if user has not chosen otherwise, return full dict of systems
    if not systems_user:
        return system_dict

    # make sure user_dicts matches at least something
    for user_system in systems_user:
        for system in system_dict:
            if re.match(user_system + '$', system):
                break
        else:
            raise ValueError('System ' + user_system +
                             ' used in command line argument is not defined in ' +
                             systems_json.name)

    for system in list(system_dict.keys()):
        # delete systems not selected by user
        for user_system in systems_user:
            if re.match(user_system + '$', system):
                break
        else:
            system_dict.pop(system)

    # return reduced dict of systems
    return system_dict

代码的第一部分是从一个JSON格式的数据文件中加载数据，并将其转化为一个有序字典。

具体来说，这段代码中，首先通过json.load(systems_json)语句将名为systems_json的JSON数据文件加载到system_list变量中，然后使用OrderedDict()函数创建一个名为system_dict的有序字典。

接下来，通过for system in system_list:语句遍历system_list中的每个元素，即JSON数据文件中的每个系统。对于每个系统，代码会从其中提取该系统的名称和目录，并将它们分别存储到名为system_name和system_dir的变量中。

综上所述，这段代码的功能是将一个JSON数据文件中的各个系统的名称和目录提取出来，并以有序字典的形式存储起来。

代码的第二部分是检查一个测试列表中的测试是否在一个系统的所有测试中都存在。如果一个测试不在系统的所有测试中，则会抛出一个 ValueError 异常。

具体来说，这段代码通过循环遍历 test_list 中的每个测试，并将测试名赋值给 test_name。然后，它检查测试名是否在系统的所有测试中存在。如果测试名不在所有测试中，则会抛出一个异常，指出该测试不是有效的测试。如果测试名存在于系统的测试列表中，代码将检查测试是否有参数。如果测试有参数，则将参数分割并添加到系统测试的参数列表中。如果测试没有参数，则将一个空列表添加到系统测试的参数列表中。

总之，这段代码是用来验证系统测试列表和测试参数的正确性，并对不合法的测试名称和参数进行处理。

代码的第三部分是：如果用户没有选择其他方式，返回所有系统的完整字典。如果用户选择了特定的系统，则只返回包含这些系统的缩小字典。

代码首先检查用户是否选择了特定的系统。如果没有选择，则返回完整的 system_dict 。如果用户选择了特定的系统，则会检查它们是否存在于系统字典中。如果不存在，则会引发 ValueError 异常。

然后，代码会遍历所有系统，并检查它是否与用户选择的任何一个系统匹配。如果匹配，则将其保留在 system_dict 中。否则，将其删除。

最后，代码将返回缩小后的 system_dict，其中仅包含用户选择的系统。