gromacs中一些有用的分析命令

gromacs 跑完后，最重要的是分析，这里提供几个分析命令：

去掉周期性边界条件
gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_0_100_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
Choose “Protein” for centering and “System” for output
执行旋转和平移拟合获得更好的可视化效果
gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -o md_0_100_fit.xtc -fit rot+trans
Choose “Backbone” to perform least-squares fitting to the protein backbone, and “System” for output.

计算配体的rmsd(这里计算的都是配体的重原子）
gmx make_ndx -f em.gro -n index.ndx
…

13 & ! a H*
name 26 JZ4_Heavy
q
gmx rms -s em.tpr -f md_0_100_center.xtc -n index.ndx -tu ns -o rmsd_jz4.xvg
choosing “Backbone” for least-squares fitting and “JZ4_Heavy” for the RMSD calculation
计算蛋白的RMSD
相较于起始帧的结构
gmx rms -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -o rmsd_protein.xvg -tu ns
Choose 4 (“Backbone”) for both the least-squares fit and the group for RMSD calculation
相较于晶体结构
gmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns

计算蛋白的RMSF
gmx rmsf -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -o rmsf-protein.xvg -res
选择backbone

蛋白与小分子可能形成氢键，我们这里计算小分子JZ4与102号的残基间的氢键距离
gmx distance -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -select ‘resname “JZ4” and name OAB plus resid 102 and name OE1’ -oall
JZ4的羟基与Gln102的羰基O原子之间的距离

计算氢键数
gmx hbond -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -num hbond.xvg -n index.ndx -tu ns
可以选择蛋白自身内部的，也可以选择蛋白与溶剂，或者蛋白与小分子间形成的氢键