Trimmomatic、bowtie2、samtools和bedtools安装过程全记录（已全部安装成功）

目录

安装ubuntu

安装trimmomatic

安装bowtie

安装GCC

安装samtools

安装zlib2

继续安装samtools

安装liblzma-dev

继续安装samtools

安装BEDtools

安装picardtools

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安装ubuntu

Trimmomatic和bowtie都需要一个linux环境才能使用，请直接参考这篇百度百科，安装ubuntu，以获得linux环境来运行这些软件。

在 “C:\Users\<你的windows用户名>\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\home\<你的ubuntu用户名>\” 下新建2个文件夹,一个重命名为“software”用于存放软件，另一个重命名为“program_files"用于安装软件。

安装trimmomatic

用浏览器打开下面的链接，下载最新版本对应的binary下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatichttp://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载完成后，将其解压到刚才新建的software文件夹中。然后打开ubuntu，输入java -jar ~/software/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE（注意这里的版本号是0.39，你需要改成你自己下载的版本）即可运行！ 

即可运行。什么？你的终端里报出了下面的代码？

程序 'jar' 已包含在下列软件包中:

* default-jre
 * gcj-4.9-jre-headless
 * gcj-5-jre-headless
 * openjdk-8-jre-headless
 * gcj-4.8-jre-headless
 * openjdk-9-jre-headless
请尝试：sudo apt install <选定的软件包>

不用慌，按照提示直接输入 sudo apt install default-jre，回车，输入y，回车，等它安装完之后，再输入sudo apt install default-jdk（注意这次最后是jdk结尾），回车，输入y，回车。等安装完之后，就可以运行trimmomatic了。什么？你的ubuntu里面又出现了下面的代码？

Error: Unable to access jarfile ~seqTrimmomatic-0.39trimmomatic-0.39.jar

不用慌，因为权限没有打开。下面是打开权限的方法：

输入cd software，回车，进入software文件夹

输入chmod 777 T<tab键>，回车，打开文件夹权限

输入cd T<tab键>，回车。进入Trimmomatic-0.39文件夹

输入chmod 777 t<tab键>，回车，打开trimmomatic-0.39.jar的权限

输入 cd ~，回车，返回根目录。

然后就可以运行trimmomatic了。出现下图所示的代码，表示安装成功，可以使用了。

安装bowtie

下载链接

你可以下载任何版本，进去之后下载后缀为linux-x86_64.zip的那个文件。并且解压到software文件夹中。然后还是开权限，不过这个文件夹里需要开放的文件太多了，所以我们

输入cd software，回车，进入software文件夹

输入chmod -R 777 b<tab键>，回车，打开bowtie文件夹权限以及文件夹里面所有文件的权限

输入cd b<tab键>，回车。进入bowtie2-2.4.4-linux-x86_64文件夹。

输入ls，回车。若出现如下图一样的一堆绿色的单词，表示安装完成，可以直接使用了。

安装GCC

安装samtools之前需要安装一个linux系统下的C语言编译器，即GCC。安装它之前，需要把源给更新一下，可以参考这篇博客，完成前3步即可。不过你会发现参考博客中的第2步更换源步骤中，gedit是用不了的，直接用下面方法手动替换即可。

直接将 ‘C:\Users\<你的windows用户名>\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\etc\apt’ 目录下的“source.list”用记事本打开，全选，删除，把下面这些玩意儿（即阿里源）复制粘贴进去，保存后关闭。然后第3步更新还是照着参考博客即可。

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse

完成之后，就可以输入sudo apt install gcc，回车了，然后输入Y，回车，就能安装好gcc了。

另外，经过检查，我发现上面那个源虽然可以安装GCC，但你仍然需要在安装完了GCC之后，参考另一篇博客把源换成跟你的ububtu版本相对应的源，后续的操作才不会报错。

安装samtools

下载链接

下载完成后解压到software文件夹。在program_files文件夹中新建一个“samtools”的文件夹，用于安装samtools。然后打开ubuntu

输入chmod 777 p<tab键>，回车，打开program_files文件夹权限

输入chmod 777 s<tab键>，回车，打开samtools文件夹的权限

输入cd，回车，回到主目录

输入cd software，回车，进入software文件夹

输入chmod -R 777 s<tab键>，回车，打开samtools文件夹权限以及文件夹里面所有文件的权限

输入cd s<tab键>，回车。进入samtools的文件夹。

输入./configure --prefix=/home/<你的linux用户名>/program_files/samtools，将samtools安装到samtools文件夹中。

什么？报出下面的错误？

checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/home/imhjz/software/samtools-1.14':
configure: error: C compiler cannot create executables

哦，你得再安装一个c语言编译器libc6-dev，方法如下：

sudo apt-get install libc6-dev，回车，Y，回车

然后再./configure 就不会报上面的那个错误了，而是报下面这个错误：

The 'samtools tview' command uses the curses text user interface library.
Building samtools with tview requires curses/ncurses/etc development files
to be installed on the build machine; you may need to ensure a package such
as libncurses5-dev (on Debian or Ubuntu Linux) or ncurses-devel (on RPM-based
Linux distributions) is installed.

FAILED.  Either configure --without-curses or resolve this error to build
samtools successfully.

咋解决呢？

照着bug说的做，我们安装 libncurses5-dev

输入sudo apt-get install libncurses5-dev，回车，输入Y，回车

这回再用./configure，就不会报上面的错误了，而是报下面的错误：

Samtools uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>.
Building samtools requires zlib development files to be installed on the build
machine; you may need to ensure a package such as zlib1g-dev (on Debian or
Ubuntu Linux) or zlib-devel (on RPM-based Linux distributions) is installed.

FAILED.  This error must be resolved in order to build samtools successfully.

还是照着bug说的坐，我们安装zlib1g-dev（注意字母l和数字1别搞混）

输入sudo apt-get install zlib1g-dev，回车，输入Y，回车

这回再用./configure，就不会报上面的错误了，而是报下面的错误：

Building HTSlib requires libbzip2 development files to be installed on the
build machine; you may need to ensure a package such as libbz2-dev (on Debian
or Ubuntu Linux) or bzip2-devel (on RPM-based Linux distributions or Cygwin)
is installed.

Either configure with --disable-bz2 (which will make some CRAM files
produced elsewhere unreadable) or resolve this error to build HTSlib.
configure: error: ./configure failed for htslib-1.14

照着bug说的做，安装libbz2-dev

输入sudo apt-get install libbz2-dev，回车，报出下面错误：

E: Invalid operation install libbz2-dev

不急，ubuntu不给我们装libbz2-dev，我们去这里下载一个替代品zlib2，然后自己手动装。

安装zlib2

下载下来后先解压到software文件夹，然后将其中的bzlib.h文件复制进rootfs/usr/include路径下，打开ubuntu，

输入cd，回车，回到根目录

输入#include “bzlib.h"，回车

输入cd s<tab键>，回车，进入software文件夹

输入chmod -R 777 bz<tab键>，打开文件夹权限

输入cd bz<tab键>，回车进入bzlib文件夹

输入make -f Makefile-libbz2_so，回车，发现如下报错：

Command 'make' not found, but can be installed with:

sudo apt install make        # version 4.2.1-1.2, or
sudo apt install make-guile  # version 4.2.1-1.2

好，安装第一个，

输入sudo apt install make，回车安装

再输入make -f Makefile-libbz2_so，回车

输入make && make install，回车，发现下面的报错：

mkdir: cannot create directory ‘/usr/local/man/man1’: Permission denied
make: *** [Makefile:76: install] Error 1

没有权限创建文件夹？简单，我们手动创建一个就行了

从C盘进入/rootfs/usr/local，发现里面已经有了一个“man”的文件，它会妨碍我们建“man”文件夹，所以我们把它改名为“man.i"，然后新建一个“man”文件夹

接着打开ubuntu：

输入cd，回车，进入主目录

再输入两次cd ..，回车，退到rootfs目录。

然后cd usr/local/man，回车进入man文件夹

输入sudo mkdir man1，回车，创建成功

再输入cd，回车，进入主目录

输入cd s<tab键>bz<tab键>进入bzlib文件夹，

再输入make && make install，回车，上面的报错就没有了，取而代之的是如下报错：

cp: cannot create regular file '/usr/local/bin/bzip2': Permission denied
make: *** [Makefile:78: install] Error 1

一样的问题， 我们用相同的办法创建bzip2文件夹就行了

再之后又报了错，总说什么权限不够，烦了，开启管理员权限吧，看这篇博客开启root权限，当你的输入框前面的“$”符号变成“#”，你知道现在你可以为所欲为了

输入cd，回车。由于切换了管理员用户，现在你不是在主目录。

再输入cd ..，回车，进入rootfs目录

输入ls，回车，查看当前目录下有哪些文件/文件夹。从这些文件可以推测现在是在rootfs目录下。

再输入 cd home/imhjz/software/bzip2-1.0.6/，回车，进入bzip文件夹

现在你可以尝试

输入make -f Makefile-libbz2_so，回车

输入make && make install，回车，如果最后几段像下面这样，说明解决了。

chmod a+r /usr/local/man/man1/bzdiff.1
echo ".so man1/bzgrep.1" > /usr/local/man/man1/bzegrep.1
echo ".so man1/bzgrep.1" > /usr/local/man/man1/bzfgrep.1
echo ".so man1/bzmore.1" > /usr/local/man/man1/bzless.1
echo ".so man1/bzdiff.1" > /usr/local/man/man1/bzcmp.1
root@LAPTOP-TA3GG066:/home/imhjz/software/bzip2-1.0.6# cd ..
root@LAPTOP-TA3GG066:/home/imhjz/software# cd samtools-1.14/

如果没有解决，cd进入usr/local/bin/目录，使用rm -rf bzip2，回车，彻底删除bzip2，然后再使用sudo mkdir bzip2重建文件夹，回到software/bzip文件夹进行make && make install即可。

继续安装samtools

输入su <你的linux用户名>从root管理员账户回到我们的账户

然后cd，回车进入主目录

再cd software/s<tab键>，回车进入samtools文件夹，进行./configure，出现如下报错：

Building HTSlib requires liblzma development files to be installed on the
build machine; you may need to ensure a package such as liblzma-dev (on Debian
or Ubuntu Linux), xz-devel (on RPM-based Linux distributions or Cygwin), or
xz (via Homebrew on macOS) is installed; or build XZ Utils from source.

Either configure with --disable-lzma (which will make some CRAM files
produced elsewhere unreadable) or resolve this error to build HTSlib.
configure: error: ./configure failed for htslib-1.14

好，安装liblzma-dev，输入sudo apt-get install liblzma-dev，又是下面的报错：

E: Invalid operation install liblzma-dev

好，ubuntu不给我们装，我们再手动装一次。

安装liblzma-dev

下载链接

在source栏目中点击xz，选择一个ubuntu的release版本，点source版本，下载个orig.tar.xz，将xz.5.2.4文件夹解压到software文件夹。在program_files文件夹下创建一个“xz”文件夹，然后打开ubuntu

先cd进入program_files文件夹，chmod 777 xz，打开xz文件夹的权限

再cd进入software，使用chmod -R 777 xz<tab键>开放xz.5.2.4文件夹权限

然后进入xz.5.2.4文件夹，使用./configure --prefix=/home/imhjz/program_files/xz进行配置，使用make回车进行编译，再使用make install进行安装

然后再回到 下载链接中，下载Downloadable files栏目下的liblzma-dev_5.2.4-1ubuntu1_amd64.deb，不用解压，直接整个文件粘贴到software文件夹

cd到software文件夹，chmod 777 lib<tab键>，打开文件权限

然后sudo dpkg -i lib<tab键>，安装liblzma即可！

继续安装samtools

cd，回车进入主目录

cd software/s<tab键>，回车进入samtools文件夹，进行./configure --prefix=/home/<你的linux用户名>/program_files/samtools，不再报错，成功安装在了program_files的samtools文件夹。

安装BEDtools

在program_files文件夹下新建一个“bedtools"文件夹

cd进入program_files，使用chmod 777 bedtools打开文件夹权限后cd进入bedtools文件夹

然后

输入curl -OL  https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.22.0/bedtools-2.22.0.tar.gz，回车，下载bedtools
输入tar zxvf bedtools-2.22.0.tar.gz，回车，解压bedtools文件
输入cd bedtools2，回车，进入bedtoools2文件夹
输入make，回车，出现以下报错：

  * compiling bedFile.cpp
make[1]: g++: Command not found
make[1]: *** [Makefile:23: ../../../obj//bedFile.o] E

应该是需要安装g++包，我们来安装一下

输入sudo apt-get install g++，回车

安装完后再次make，报出出现如下错误：

/bin/bash: python: command not found
make: *** [Makefile:103: all] Error 127

应该是需要安装python，我们来安装以下

输入sudo apt-get install python，回车，输入Y，回车

安装完成后再次make，编译成功。

然后输入su root切换到管理员账户，输入ln -sf ~/program_files/bedtools2/bin/bedtools /bin/bedtools，为bedtools命令创建一个链接，再输入su <你的linux用户名>回到自己账户。

再输入sudo apt install bedtools，安装bedtools即可完成安装。

安装picardtools

直接输入sudo apt install picard，回车即可安装。