ImageJ半自动处理方法：组合命令/批处理命令集/手动执行代码实现方式

有时候我们使用ImageJ手动处理图片时，需要多次使用相同的一组命令，比如“8-bit”→“Threshold”→“Fill Holes”→“Watershed”→“Analyze Particles”，如果用鼠标一个一个去点这些命令很费时费力，这个时候我们可以通过“Plugins-Shortcuts-Add Shortcut...”来将我们常用的命令添加快捷键，然后依次按下快捷键来代替鼠标点击命令。当然，有时候我们仍不满足使用多个快捷键，而是希望能一键完成所有的命令，这时候我们就需要用到所谓的“Macro Sets”将命令组合起来并添加一个快捷键。具体方法如下：

首先，你需要知道如何把imagej命令用macro代码来表示。直接打开“Plugins-Macros-Record...”，会弹出Record窗口，接下来你进行的所有操作都会以代码的形式记录在Record窗口。

获得自己需要的一组命令的代码之后，新建一个txt文档，在其中写上如下代码

 macro "Macro1 [B]" {//方括号中的B是快捷键，可以换成任意字母和数字，若快捷键已被占用，加载此文件后会覆盖原本的快捷键。若要用小键盘数字键，则在数字前加字母n，如[n0]。

   }

然后将Record窗口中的代码复制粘贴在大括号中间，保存后将.txt后缀名改为.ijm，通过Plugins-Macros-Install...命令，将.ijm文件导入ImageJ，即可使用设定的快捷键调用组合命令（也可通过Plugins-Macros-Macro1来调用）。

重启imagej后，需要重新加载ijm文件才会生效，因此不需要担心快捷键覆盖的问题。

TIPs：在ImageJ的快捷键系统中，大写字母代表单独的字母键，小写字母代表Shift+字母键

TIPs：本方法除了菜单命令，也可以加入任何可执行的macro代码。

例：

以“8-bit”→“Threshold”→“Fill Holes”→“Watershed”→“Analyze Particles”为例，对应得到如下代码：

run("8-bit");

setAutoThreshold("Default dark");

run("Threshold...");

setThreshold(27, 255);

setOption("BlackBackground", false);

run("Convert to Mask");

run("Fill Holes");

run("Watershed");

run("Analyze Particles...", "size=1-Infinity display exclude clear summarize add");

然后将代码写入txt文档中，如下图

保存后，后缀名从txt改为ijm。

然后点击Plugins-Macros-Install...，将ijm文件导入后，即可用小键盘的数字0键执行“8-bit”→“Threshold”→“Fill Holes”→“Watershed”→“Analyze Particles”命令组合

若需要修改代码，直接用记事本编辑ijm文件，保存后重新通过Plugins-Macros-Install...加载即可

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