CellOracle·单细胞扰动模拟

于 2025-03-27 16:21:17 发布
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文章标签： 概率论
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CellOracle是一种结合计算扰动与基因调控网络（GRN）建模的策略，用于模拟转录因子（TF）扰动后细胞身份的变化，并为细胞身份的调控提供系统性和直观的解释。
   
🔬算法流程：
1.构建细胞类型/状态特异的GRN配置：通过多组学数据和集群正则化线性回归模型，构建细胞类型或状态特异的GRN配置。
2. 计算转录因子扰动对目标基因表达的影响：利用GRN模型，模拟转录因子KO或过表达时基因表达的变化，进而推算出基因表达相对趋势变化。
3. 估算细胞身份转变的概率：通过比较基因表达的变化与局部邻域基因表达，估算细胞身份转变的概率。
4. 二维向量化转变概率：将转变概率转化为加权的局部平均向量，并通过降维得到二维向量，直观地展现细胞身份的变化方向。
 

🚀核心优势：无需湿实验的计算扰动


CellOracle通过计算模拟转录因子的扰动效果，无需实际实验操作即可预测基因调控机制和细胞身份变化。


参考文献：Nature volume 614, pages742–751 (2023)

在Ubuntu中ssh报错: connect to host localhost port 22: Connection refused 解决办法
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Ubuntu 20.04自动登录root用户
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Ubuntu 一键脚本：开启 Root 用户登录配置 SSH 远程连接，轻松管理远程服务器
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内容概要： 本一键脚本旨在简化 Ubuntu 系统下开启 Root 用户登录并配置 SSH 远程连接的步骤，帮助用户实现便捷的远程管理和操作。通过这一脚本，您可以快速设置 SSH 连接，方便进行远程服务器操作和管理。 适用人群： 拥有 Ubuntu 服务器的系统管理员和运维人员 寻求简化远程服务器管理流程，提高工作效率的技术团队 需要远程登录和管理 Ubuntu 服务器的开发者和个人用户 使用场景及目标： 此一键脚本适用于希望快速开启 Root 用户登录配置 SSH 远程连接的用户群体，可用于远程登录进入服务器进行操作、配置和维护，提高远程管理效率，方便快捷。目标是让用户通过简单的操作即可实现远程服务器管理，节省时间和精力。 其他说明： 在使用本脚本前，请确保已经备份重要数据，以免因操作失误造成数据丢失。 强烈建议在完成设置后立即关闭 Root 用户登录，以加强服务器安全性。 如有问题或建议，欢迎在评论区留言交流，我会及时回复解答。希望这一脚本能帮助您更轻松地进行远程服务器管理和操作。
Ubuntu开启ssh并允许root登录
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（1）查看Ubuntu是否开通sshd服务。（2）若sshd状态不是默认启动，则。
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guacamole ssh ubuntu 22.04 连不上。/etc/sshd/sshd_config 最后面加两行。/etc/sshd/ssh_config 注释去掉。
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3.重新打开ssh客户端并连接，如果使用修改配置前就已经打开的ssh客户端，无法使用新的ssh配置。Ubuntu初始化安装后，系统默认不允许root通过ssh连接，因此需要完成三个设置。将PermitRootLogin注释打开，并将值改为yes。，ubuntu默认不以root登录。1.修改ssh配置文件。
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ubuntu 20.04 基本设置一篇就够了！ 一、root 帐号开启 SSH 登录 二、ubuntu 20.04 设置静态ip 三、[推荐]官网安装包安装指定版本go 四、安装编译环境（安装 build-essential软件包（编译程序必须软件包的列表信息）） 五、从源代码安装git 六、安装和配置 Redis 七、安装和配置 MongoDB.........
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1、问题分析 如下：出现这个问题是因为Ubuntu默认没有安装openssh-server，我们用一个命令来看下，如果只有agent，说明没有安装openssh-server，命令如下： ps -e | grep ssh 默认情况下只有ssh-agent 用命令来安装openssh-server,命令如下： sudo apt-get install openssh-server 2、安装完成后 我们再使用 ps -e | grep ssh 命令来看下，openssh-server安装上去没有。输入命令
Ubuntu SSH - ssh: connect to host ****** port 22: Connection refused
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Ubuntu SSH - ssh: connect to host ****** port 22: Connection refused
[ubuntu] ssh: connect to host xxxx port 22: Connection refused
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执行以下命令安装ssh即可。
ubuntu scp ssh 22: connection refused
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04-19 1326
进入192.168.64.131查看进程 ps -e | grep ssh 如果 Ubuntu 默认并没有安装 ssh 服务，如果通过 ssh 连接 Ubuntu，需要手动安装 openssh-server。 sudo apt-get install openssh-server 用ps -e | grep ssh命令来看下，openssh-server 安装上去没有。sshd 就是我们所安装的。 由于默认关闭了 ssh 服务，连接无法建立，第一次连接需要手动输入 ye...
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Ubuntu 安装配置SSH时 报错 (ssh: connect to host localhost port 22: Connection refused)： 百度百科： SSH 为 Secure Shell 的缩写，由 IETF 的网络小组（Network Working Group）所制定；SSH 为建立在应用层基础上的安全协议。SSH 是较可靠，专为远程登录会话和其他网络服务提供安全性的...
CAN长字节DM1报文
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CAN长字节DM1报文是指在CAN总线上传输的长度超过8个字节的DM1报文。根据引用\[1\]，当要传输的数据长度超过8个字节时，首先使用TPCM进行广播，广播内容包含即将传输报文的PGN、总的数据包长度等信息，然后使用TP.DT进行数据传输。相邻两个TP.DT之间的时间间隔是50ms到200ms。根据引用\[2\]，当字节数大于8时，将会使用多帧传输参数组。根据引用\[3\]，DM1报文是Diagnostic Message 1, Active Diagnostic Trouble Codes的缩写，用于点亮故障指示灯、红色停机灯等，并周期性播报控制器中处于激活状态的故障码。DM1报文的格式包括各个字节的定义，如故障指示灯、红色停机灯、琥珀色警告指示灯等。因此，CAN长字节DM1报文是指在CAN总线上传输的长度超过8个字节的DM1报文，用于传输更多的故障码信息。 #### 引用[.reference_title] - *1* [车载通信——J1939 DM1](https://blog.csdn.net/weixin_64064747/article/details/130193432)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [J1939广播DM1报文](https://blog.csdn.net/mengdeguodu_/article/details/108173263)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [J1939商用车在线诊断DM1报文](https://blog.csdn.net/traveller93/article/details/120735912)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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