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R
文章平均质量分 58
跳动的喵尾巴
匆匆忙忙又繁琐的学习记录
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RDkit | 安装报错及使用
【代码】RDkit | 安装报错及使用。原创 2023-11-13 15:47:05 · 793 阅读 · 0 评论 -
reticulate | R-python调用 | 安装及配置 | conda文件配置
卸载重装Miniconda;在install_miniconda()报错二这一部分中,运行代码时,全程关闭代理;提前更新了hosts文件。原创 2023-11-13 15:39:50 · 2928 阅读 · 0 评论 -
R-install_miniconda()卸载 | conda命令行报错及解决方法
卸载miniconda,miniconda安装报错解决方法。原创 2023-11-09 13:02:49 · 1617 阅读 · 0 评论 -
RStudion | 基础使用教程(初学者详细) | 基本设置 | 快捷操作 | 脚本运行 | 画图
R Markdown 文档是用 markdown(一种易于书写的纯文本格式)编写的,其中包含嵌入式 R 源代码块、输出结果及图形展示等。本篇则主要介绍R语言的常用编辑器RStudio,在安装RStudio并打开后,界面如。但通常情况,我们利用RStudio来编写和记录脚本,故可按照“在R安装路径无中文的情况下,运行代码绘图,会在右下角文件窗口的。但当路径下有中文时,RStudio则不显示绘制图形,可通过 “RStudio R Markdown设置中主要包括()的顺序添加R脚本窗口。原创 2023-10-06 17:28:58 · 15331 阅读 · 5 评论 -
R | R包默认安装路径的查看及修改
本篇主要介绍如何查看R包的默认安装位置,以及如何修改R包的安装位置。原创 2023-10-04 23:28:04 · 24016 阅读 · 0 评论 -
R | R及Rstudio安装、运行环境变量及RStudio配置
R作为一个统计计算和图形绘制的开源软件,自身已包含多个不同功能的包,CRAN官方R包 >18000,利用R可轻松实现统计计算,数据可视化等功能。在R中,R 函数可以用来解决问题,R包是可以分享代码的基本单位,把具有相关功能的 R 函数打包起来。R包把代码,数据,文档和测试内容整合在一起,从而便于分享。总的来说,R 包是由社区开发(developed by the community)的功能(functions)和数据集(data sets)的集合。R 包初学者指南。原创 2023-09-26 16:04:26 · 20516 阅读 · 3 评论 -
R | package基础 | Rstudio + devtools 创建/开发R包(初学者 指南| 简明详细流程)
全面了解R包基础内容,学习R包使用原创 2022-06-16 23:05:39 · 6465 阅读 · 3 评论 -
Error in library(patRoon) : 不存在叫‘patRoon‘这个名字的程辑包
Rstudio .libPaths()查看R包安装路径R包安装路径的修改原创 2022-06-08 12:55:55 · 2534 阅读 · 0 评论 -
R | Rstudio安装 |Rstudio空白及显示无法访问此网站
Rstudio安装及配置;更新R版本后出现空白及127.0.0.1 拒绝了我们的连接请求的解决方法原创 2022-05-10 18:26:00 · 8669 阅读 · 2 评论 -
R | mgwrsar包 | 程序包‘Rcpp_precious_remove‘不提供‘Rcpp‘这样的函数
一、问题在运行以下代码,安装及加载 “mgwrsar”包时,出现报错,内容如下:install.packages("mgwrsar")library(mgwrsar)报错:错误: package or namespace load failed for ‘mgwrsar’ in .doLoadActions(where, attach): error in load action .__A__.1 for package nabor: loadModule(module, NULL, env原创 2022-04-19 16:09:37 · 1591 阅读 · 0 评论 -
R:热图解释 | pheatmap包参数及详细聚类图绘制流程(一篇解决热图绘制问题)
一文解释pheatmap绘制热图的常见问题原创 2022-03-27 22:23:54 · 44855 阅读 · 12 评论 -
R | data frame数据框数据修改 | edit ()函数的使用 | class ()查看数据类型
class ()函数,edit ()函数,data.frame原创 2022-03-18 13:24:23 · 6689 阅读 · 0 评论 -
R | 载入了名字空间‘ellipsis’ 0.3.1,但需要的是>= 0.3.2
在调用“xcms”包时,出现报错内容,如下:载入了名字空间‘ellipsis’ 0.3.1,但需要的是>= 0.3.2错误:无法载入程辑包‘MSnbase’图1 报错提示报错原因分析:如图1所示,右侧R包列表中显示xcms的依赖包‘ellipsis’ 为0.3.1版本,而报错内容提示需要版本>= 0.3.2,所以只需要更新改R包即可,代码如下:install.packages("ellipsis")运行上述代码后,提示图2窗口,提示需要重启R,按操作点击“yes”即可。图2 更新提示原创 2021-12-25 15:25:23 · 5253 阅读 · 0 评论 -
R | 关于“二进列运算符中有非数值参数”的解决办法 | 修改数据框dataframe中单列的数据类型
之前写过一篇运用R时报错的文章R: Error in FUN(left, right) : 二进列运算符中有非数值参数,报错内容为:Error in FUN(left, right) : 二进列运算符中有非数值参数原因是导入的“.csv”文件数据列具有非参数类型,进行非参数转换之后问题解决。然而,在利用R metID包时,又出现了类似的报错内容,如下:错误: BiocParallel errors element index: 1, 2, 3, 4, 5, 6, ... first err原创 2021-12-01 09:09:59 · 22147 阅读 · 8 评论 -
R: 错误: $ operator is invalid for atomic vectors
利用metaboanalyst包运行代码时提示:错误: $ operator is invalid for atomic vectors后经检查输入csv文件发现,是因为首行sample name具有重复值导致,如下图:将其按照下图重新命名后,再次运行代码,问题解决。...原创 2021-10-29 15:28:01 · 16339 阅读 · 4 评论 -
R:object not interpretable as a factor
报错内容:Error in C("(M+NH4)+", "(M+H-H2O)+", "(M+H-2H2O)+", "(M+NH4)+", "(M+Na)+", : object not interpretable as a factor报错原因及解决方法:按照报错内容提示,是因为未构成正确的因子格式;将括号的前的大写C改为小写c即可。c("(M+NH4)+", "(M+H-H2O)+", "(M+H-2H2O)+", "(M+NH4)+", "(M+Na)+")...原创 2021-08-29 13:39:34 · 2671 阅读 · 0 评论 -
R: 从github安装ReSOLUTION包及其依赖包
ReSOLUTION这个R包主要用于高分辨质谱数据的处理,其名称既来自高分辨率质谱数据(R包的基础),也来自于其开发的SOLUTIONS项目(主要研究土地和水资源管理中当前和未来新兴污染物的解决方案)。 该R包提供了用于高分辨率非质谱筛查的工作流功能,以及与MetFrag(MS/MS碎片预测)进行交互的许多功能。ReSOLUTION包的安装:R包安装的常见方式可参见博文:R: R package安装的几种方式利用github进行安装,提示以下内容,从报错内容可知,“rcdk”需要R4.0.5才原创 2021-05-04 00:37:31 · 1339 阅读 · 0 评论 -
R: R package安装的几种方式
R包安装方式一. R官网(CRAN)安装二. Bioconductor安装三. Github安装四. 手动安装一、CRAN安装对于大多数R包或可以在R官网上查询到的包,都可以直接进行安装。直接利用代码安装install packages("R包的名称")从R—packages界面搜索安装在第3不中输入R包名称,检索,点击“Install”进行安装,待安装进度走完,会显示安装成功。图1 R包安装从菜单栏—tools中进行安装,出现与图1中相同界面,输入检索并安装即可。原创 2021-05-04 00:30:49 · 48940 阅读 · 4 评论 -
R: R版本更新及R包迁移(详细步骤)
在安装R包的过程中,有时候会提醒R版本不够等情况,当需要更新R版本,又需要保证旧版本安装的R包可以完整迁移到新版本R时,可通过**“installr”**包实现。install.packages("installr")library(installr)updateR()注:以上代码建议在Rgui界面中运行,而不是在RStudio界面中运行。详细安装更新步骤如下:打开RGui加载“installr”包检查并更新R本版检查,当前使用的为3.6.3,最新版本为4.0.5是否打开网页原创 2021-05-04 00:29:26 · 46594 阅读 · 41 评论 -
R: 更改行名及矩阵数据提取的易错点——下标出界
利用rownames()更改行名,书写代码如下,但运行后报错“下标出界”。> rownames(contrib_1) <- contrib_1[c("aa","bb","cc","dd","ee"),]Error in contrib_1[c("aa","bb", : 下标出界仔细对比发现,正确代码应为代码1,代码2运行则是提取行名为指定值的所有行数据。将代码1与代码2混合书写导致了上述代码的报错内容,故需格外注意两者的区别。代码1:rownames(contrib_1)原创 2021-04-22 11:13:16 · 10975 阅读 · 0 评论 -
R: 边界显示问题——ylim() xlim()
在R中绘制图形时,有时候会遇到图1所示情况,上边界为显示完全,是因为边界在坐标轴范围之外,所以未显示出来。图1 上边界不显示的PCA图形解决办法:由图1可知,下边界显示正常,并且负向y轴的距离也合适,所以在利用ylim()设定坐标轴范围时,负轴设为“NA”,正轴最大值为15,则设为15。将下述代码加到原代码中再次运行,结果如图2,正常。ylim = c(NA, 15)图2 利用ylim()调节后的图形注:当标签名称过长而与边界重叠时,也可通过调节坐标轴范围解决。关于其他坐标轴调整及转换方原创 2021-04-21 22:39:09 · 8956 阅读 · 0 评论 -
R: fivz_pca_biplot的异常问题
(一) 椭圆置信区间边框颜色显示的问题:代码:fviz_pca_biplot(NR.pca, win.asp = 0.8, # Fill individuals by groups geom.ind = "point", fill.ind = data_NR$Label, # 个体的填充 col.ind = "black", #habillag原创 2021-04-20 18:02:48 · 6360 阅读 · 0 评论 -
R: corrplot()——Error in is.finite(tmp) : 没有为‘list‘类型实现默认的方法
在使用函数**corrplot()**绘制相关矩阵图时:corrplot(corr)**“corr”**所需数据格式为matrix,若使用data.frame格式的数据,则会报错:Error in is.finite(tmp) : 没有为'list'类型实现默认的方法解决方法:利用as.matrix()将所需数据集转换为matrix格式即可。...原创 2021-04-19 23:33:42 · 5623 阅读 · 2 评论 -
R: corrplot()——Error in C(0, 15) : object not interpretable as a factor
使用函数:Corrplot()代码:corrplot(P1[1:15,], method = "circle", cl.pos = "r", cl.lim = C(0,15) )运行以上代码,报错:Error in C(0, 15) : object not interpretable as a factor解决方法:将上述cl.lim = C(0,15) 改为 cl.lim = c(0,15).corrplot(P1[1:15,原创 2021-04-19 23:20:02 · 1183 阅读 · 0 评论 -
R: Error in P1$PC1 : $ operator is invalid for atomic vectors
原始代码:注: P1与P3为两个数据集。P1[order(P1$PC1,decreasing=T),]运行上述代码,报错:Error in P1$PC1 : $ operator is invalid for atomic vectors原因:从关于 “$” 的帮助文件中,可以知道: $仅对递归对象有效,并且仅在下面有关递归对象的部分中讨论。$ is only valid for recursive objects, and is only discussed in the sec原创 2021-04-19 22:53:58 · 16512 阅读 · 2 评论 -
R: Error in file(out, “wt“) : 无法打开链结
报错内容:利用help()文档查看帮助信息报错:Error in file(out, "wt") : 无法打开链结解决方法:重启Rmarkdown,再次运行help()文档,恢复正常。原创 2021-04-18 09:22:17 · 3208 阅读 · 0 评论 -
R:报错“Error in gzfile(file, “wb“) : 无法打开链结”,“‘x‘ must be numeric”及中文路径下利用dev.new()绘图
目的:利用R绘制分布图形利用以下代码绘制密度分布图时,报错如下:iris_data <- iris[,-5] #新的数据集iris_datairis_PCA <- prcomp(iris_data, center = T, scale = T, retx = T)plot(density(iris_PCA)) #iris_PCA为进行主成分分析后的数据,该数据集中的“X”为所需数据首先,报错内容提示“x”应为数值类型Error in density.default(iris_PCA原创 2021-04-15 11:09:05 · 5912 阅读 · 0 评论 -
R:数据框索引报错“unexpected token”
目的:练习使用prcomp函数进行PCA分析数据集:R自带iris数据集报错内容:在利用数据框索引去除iris数据集中的“species”一列时,一直报错,内容如下:> iris_data <- [,-5] 错误: 意外的'[' in "iris_data <- ["哦,真的是无比低级的错误,报错原因是没有表明数据集,修改后代码如下:iris_data <- iris[,-5]作为一名小白,掌握理论基础太重要了。。。...原创 2021-04-15 09:42:26 · 3553 阅读 · 0 评论 -
R: Error in FUN(left, right) : 二进列运算符中有非数值参数
将数据导入R后,用以下代码将数据从字符串转换为数值,在笔者自己电脑上运行以下代码报错,而另外一台电脑运行正常。rownames(data1) = data1[,1]data1 <- data1[,-1]data1 <- as.matrix(data1)报错内容:Error in FUN(left, right) : 二进列运算符中有非数值参数在线查阅后,发现上述代码是直接利用"as.matrix()"进行格式转换,导致报错,具体更改方法为利用apply函数对每个元素进行类型转化,原创 2021-04-13 13:37:43 · 14856 阅读 · 0 评论 -
R: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
使用R的pheatmap包绘制热图时,会遇到很多缺失值的情况,此时需要对其进行去除或替换处理,但利用“is.na()”发现一直报错:Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)折腾了许久,后来发现是用以下代码进行缺失值替换时,未成功替换NA值:data1[is.na(data1)] <- 1原因:原来是我在原始数据中手动将缺失值替换为了NA导致解决方法:将excel中手动输入的NA值替换为空白原创 2021-04-13 13:27:50 · 32232 阅读 · 1 评论 -
R:xlsx/rJava无法加载的解决方法——java安装及版本查询
在使用R绘制图形时,载入“xlsx”包,出现以下报错信息:报错:library(xlsx) Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’: loadNamespace()里算’rJava’时.onLoad失败了,详细内容: 调用: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), …) 错误: unable to load shared object ‘d:/Program Files/R/R-3.5.原创 2021-04-13 10:41:09 · 2402 阅读 · 0 评论