R: R package安装的几种方式

一、CRAN安装

对于大多数R包或可以在R官网上查询到的包，都可以直接进行安装。

1. 直接利用代码安装
   install packages("R包的名称")

2. 从R—packages界面搜索安装
   在第3步中输入R包名称，检索，点击“Install”进行安装，待安装进度走完，会显示安装成功。
   
   图1 R包安装

3. 从菜单栏—tools中进行安装，出现与图1中相同界面，输入检索并安装即可。
   
   图2 R包安装

这种方式安装的R包，通常比较好安装，不容易出现问题。

4. 对于要下载的R包不在R语言官网上，则极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网或github搜索相关R包，搜索后先查看其相关用途，再进行安装。其中，Bioconductor主要是跟生物数据分析及可视化相关的包。

二、Bioconductor安装

以“RMassBank”为例，可按以下方式进行安装。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("RMassBank")

需利用BiocManager包中的install函数进行安装。

三、Github安装

利用devtools包中的“install_github()”函数进行安装。

library(devtools)
install_github("schymane/ReSOLUTION")

需注意的是，这种方式需注明R包所属库的名称，如上述的“schymane”，否则容易报错。
为此有人开发了另一个包：githubinstall，也是专门用来从github安装R包的，且用法类似于install.packages()，只需提供包的名字即可，参见R基础笔记——R语言包的安装：

#load githubinstall at first
library(githubinstall)
install_github('dplyr') #install from github, e.g. dplyr

四、手动安装

对于一些较难安装的包，可以通过本地安装的方式来实现，首先需要先下载对应的压缩包，如ReSOLUTION，下载zip格式文件到自己电脑。

图3 下载R包
通过与第一种方法相同的打开方式，打开下载的R包进行安装即可。

图4 安装R包

对于R包安装失败的常见原因：

• R包名输入错误
• R依赖包无法安装（可以通过分别安装依赖包以及手动安装的方式实现）
• R版本不够新，与R包不兼容（R: R版本更新及R包迁移（详细步骤））