R: Error in P1$PC1 : $ operator is invalid for atomic vectors

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原始代码:
注: P1与P3为两个数据集。

P1[order(P1$PC1,decreasing=T),]

运行上述代码,报错:

Error in P1$PC1 : $ operator is invalid for atomic vectors

原因:
从关于 “$” 的帮助文件中,可以知道:
$仅对递归对象有效,并且仅在下面有关递归对象的部分中讨论。

$ is only valid for recursive objects, and is only discussed in the section below on recursive objects.

检查P1与P3的数据格式及是否递归:

# 检查数据格式
> class(P1)
[1] "matrix" "array" 
> class(P3)
[1] "data.frame"

#检查是否递归
> is.recursive(P3)
[1] TRUE
> is.recursive(P1)
[1] FALSE

递归对象是具有类似列表的结构。向量(vector)不是递归的,它是一个原子对象,此处检查P1为矩阵格式,不是递归的,同样是原子对象,检查如下:

> is.atomic(P1)
[1] TRUE
> is.atomic(P3)
[1] FALSE

所以将 “$” P1应用于矩阵(非递归对象)时会出错。

解决方法:
1:将P1改为数据框格式

P1 <- as.data.frame(P1)

2:使用 “[”

P1["PC1"]

3:使用 “getElement”

getElement(P1, "PC1")
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