【生物信息学】正常和突变的蛋白质结构可视化？构建蛋白结构模型，常见的4种构建蛋白模型方法

场景1：
A同学想要从对蛋白结构影响的角度说明 自己发现 的 患者（病人）携带的DNAH1 突变（如 p.Val131Ala）对蛋白结构的影响，通过SWISS-Model自己构建了 正常情况下的蛋白结构，又同时构建了突变情况下的蛋白结构，如何对它们进行展示 以用于文章中的图呢？

文章中关于这个结果的描述：in silico analysis The location of the two variants is shown in Figure 2A.The affected AA residues, E446 and R971 of the DNAH1peptide, **are evolutionarily conserved with high consensus across eight species (**Fig. 2B). Only the domain containingthe p.R971H variant was credibly modeled using the PDB:6sc2.1 file as its wild-type template (Seq identity: 25.11%;Qualitative Model Energy Analysis: -4.63). The R971Hvariant, which replaced the arginine with a histidine, changed the number of hydrogen bonds from two to one at theside chain with E974, thus reducing the stability of the protein (Fig. 2C).

场景2
B同学想要在文章发表的时候提供如下的一条证据：
突变导致 患者 蛋白整体结构发生改变，从而为其致病性提供证据，如何通过蛋白结构的角度可视化展示这个结构呢？

常见的4种结构构建方法

要实现上边的可视化方法，我们首先要构建蛋白三维结构，拿到蛋白质的PDB文件，以下是常见的方法，根据需求选择其中之一进行构建即可：

1. SWISS-Model:同源建模法
   
   1.点击网站：https://swissmodel.expasy.org/interactive
   

（标准：氨基酸序列与选择的模板（模型）序列的一致度 >30% 则效果良好，可以进一步构建）

2.按照以下构建：

3.获得结果及分析

下载PDB文件，即完成这一部分

I-TASSER穿线法: 原理：不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构，对应能量最低的预测模型 在 CASP蛋白质预测信息蛋白中 表现优异

1.点击网站：I-TASSER 点击跳转 https://zhanggroup.org/

2.输入序列：

3.获得结果：

从头计算法 的原理 自由能最低的状态即是蛋白质所处的结构

构建方法：
1.点击进入QUARK 点击跳转https://zhanggroup.org/QUARK/ 还是 Zhang Lab的一款产品，需要注册账号

2.输入氨基酸序列 注意：＜200个氨基酸序列的才适用

3.结果及分析
判断标准：根据TM-SCORE，查看预测的模型是否可用

综合法：

综合法原理：能够找到结果的区域用同源建模法，不能找到的采用从头计算法

1.ROBETTA：点击跳转 http://robetta.bakerlab.org/

2.输入序列：

3.获得结果及分析

选择标准

蛋白质结构获得的方法：

获得模型后的最重要一步：模型质量评估：

不同软件对应不同的评估标准
统一的评估：Verify_3D

参考文献：
1.DNA Cell Biol. 2021 Jun;40(6):833-840. doi: 10.1089/dna.2021.0097.
Novel Biallelic DNAH1 Variations Cause Multiple Morphological Abnormalities of the Sperm Flagella