The human skin microbiome

人类皮肤微生物组

〉原文：The human skin microbiome
〉网址：https://www.nature.com/articles/nrmicro.2017.157
〉发表：2018 年 1 月 15 日
〉翻译：雪垆，2022-08-22
〉编号：PaperTr-F002

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关键点

• 皮肤微生物已经适应了利用皮肤上稀少的营养物质
• 许多皮肤微生物可以产生抑制其他微生物定殖或改变其行为的分子
• 尽管环境扰动，健康成年人的皮肤微生物群随着时间的推移保持稳定
• 鸟枪法宏基因组学提供比传统扩增子测序更高的分辨率，能够在界、物种、菌株或基因水平上调查皮肤微生物群
• 皮肤微生物在培养皮肤免疫系统的先天和适应性方面具有重要作用
• 一些皮肤病与微生物状态的改变有关；逆转这种生态失调可能有助于预防和/或治疗疾病

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摘要

作为人体与环境的外部界面，皮肤充当物理屏障，防止外来病原体入侵，同时为共生微生物群提供家园。皮肤的严酷物理环境，特别是干燥、营养不良、酸性环境，也导致病原体在人类皮肤定植时面临逆境。尽管如此，皮肤还是被多种微生物群定殖。在这篇综述中，我们描述了扩增子和鸟枪法宏基因组 DNA 测序研究，这些研究已用于评估与从界到菌株水平的皮肤相关的微生物的分类多样性。我们讨论了对皮肤微生物群落的最新见解，包括它们在健康和疾病中的组成、物种之间的动态以及与免疫系统的相互作用，痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌。

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引言

我们的皮肤是构成皮肤微生物群的数百万细菌、真菌和病毒的家园。与我们肠道中的微生物相似，皮肤微生物在防止入侵病原体、教育我们的免疫系统和分解天然产物方面发挥着重要作用。作为人体最大的器官，皮肤被有益微生物定殖，并作为物理屏障防止病原体入侵。在屏障被破坏或共生体和病原体之间的平衡被破坏的情况下，可能导致皮肤病甚至全身性疾病。人体皮肤部位可以根据其生理特征进行分类，即皮脂腺（油性）、湿润还是干燥（Box 1)。研究不同部位微生物群的组成对于阐明常见皮肤病的病因很有价值，这些皮肤病通常偏爱特定的皮肤部位，例如肘部内侧的湿疹和肘部外侧的牛皮癣。

传统上，通过使用基于培养的方法来探索皮肤微生物群落。由于这种方法选择在人工生长条件下茁壮成长的微生物，它低估了群落的总体多样性。例如，皮肤葡萄球菌属比丙酸杆菌更容易培养。或棒状杆菌属，在基于培养的调查中经常被低估。因此，为了规避文化带来的偏见并捕捉微生物组的完整多样性，研究人员开始应用测序方法。这些原始测序方法利用保守分类标记中的序列变异作为分子指纹来识别微生物群落的成员。对于细菌，使用 16S 核糖体 RNA (rRNA) 基因，而对于真菌，优选真核生物核糖体基因的内部转录间隔区 1 (ITS1) 区域。

随着测序技术从 Sanger 测序发展到 454 焦磷酸测序，再到 Illumina 测序，这种创新的方法已定期适应增加的深度和更短的read长度。这已经通过用于较短扩增子的新引物、用于克服测序错误的聚类方法和用于组合配对末端读数的组装方法来实现。具有较短的扩增子长度（~300 bp 与 Sanger 测序中的 >1,000 bp 相比），只能分析 16S rRNA 基因的一个子区域。这需要优化的引物与 16S rRNA 基因的特定区域结合，以捕获细菌种群的遗传多样性；应优化用于皮肤微生物组研究的引物对，以放大和区分流行的皮肤微生物分类群。迄今为止，用于分析扩增子数据的主要 pipeline 是 mothur 和 Qiime。这两种方法都使用reads聚类方法，通过该方法将聚类reads与策划的参考数据库进行比较，以对属的群落进行分类，并在可能的情况下对物种进行分类。

大多数皮肤微生物组研究都使用了扩增子测序。然而，在过去几年中，重大的技术和分析突破使鸟枪法宏基因组测序研究成为可能。图 1突出了扩增子和鸟枪法宏基因组学之间的技术和程序差异，以及数据集可能进行的不同类型的分析。由于鸟枪法宏基因组学不对特定目标区域进行测序，它同时捕获样本中的所有遗传物质，包括人类、细菌、真菌、古细菌和病毒，从而可以推断相对界的丰度，但不同微生物的 DNA 可能会受到限制。根据样品制备方法进行差异提取。鸟枪法宏基因组测序的另一个优点是这些数据集提供了足够的分辨率来区分物种甚至物种内的菌株。这对于识别葡萄球菌属的成员至关重要，因为大多数扩增子测序方法很难将其分类到物种水平。区分菌株的能力很重要，因为更多的研究揭示了物种内菌株之间存在的功能差异。

图 1：扩增子与鸟枪法宏基因组测序

为了研究微生物群落的成员，可以使用两种测序策略。对于扩增子测序（左），使用了扩增界内保守区域的引物。对于细菌，核糖体基因的 16S 核糖体 RNA (rRNA) 区域被扩增，而对于真菌，内部转录间隔区 1 (ITS1) 区域被扩增。相比之下，全基因组测序（右）在没有靶向扩增步骤的情况下捕获样本中的全部遗传物质。测序扩增子的分析可以确定属水平和物种水平的群落组成，但只有鸟枪法宏基因组学才能揭示界相对丰度和菌株水平的分辨率。未定义的颜色可能被归类为“其他”。

Box 1：皮肤生理学

在结构上，皮肤由两个不同的层组成：表皮和真皮（图）。最外层（表皮）由分化的角质形成细胞层组成。顶层或角质层由化学交联以加强皮肤屏障的终末分化的去核角质形成细胞（也称为鳞状细胞）组成。

除了这种保守的分层结构外，身体部位还提供不同的微环境，这些微环境在紫外线照射、pH、温度、水分、皮脂含量和地形方面有所不同。根据这些特征，可以将部位分为大类：皮脂腺或油性（面部、胸部和背部）；潮湿（肘前窝、膝盖后部和腹股沟）和干燥（前臂掌侧和手掌）。这些部位的环境受到附属物的影响，例如汗腺、毛囊和皮脂腺。在潮湿的地方，汗腺更丰富，通过水分的蒸发对体温调节很重要，这也会使皮肤酸化，使条件不利于某些微生物的生长和定殖。此外，汗液中含有抗菌分子，例如游离脂肪酸和抗菌肽，可抑制微生物定植。皮脂腺与毛囊相连，在油性部位更密集，分泌富含脂质的皮脂，这是一种疏水涂层，可为头发和皮肤提供润滑和抗菌保护。

根据用于对皮肤微生物群进行采样的方法（拭子、活组织检查、表面刮擦、杯子擦洗或胶带条），可以捕获存在于皮肤不同深度或子隔室的微生物。尽管无论采用何种采样方法，大多数主要细菌类群都被类似地识别出来，但与更深的皮肤层相比，一些微生物在表面的存在是不同的；这强调了在整个研究中保持一致的采样技术的重要性。总的来说，本综述强