网络药理学：autodock tool（mgltools）实现大分子蛋白（PDB ID已知）和小分子配体的分子快速实践流程总结

前言

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这里是快速实践的流程总结版（正文步骤都需要在autodock tools中进行）。
前置准备：

• pocasa预测大分子蛋白并下载PDB格式文件：https://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/
• pymol前置处理大分子蛋白，保存为PUB ID_pymoled.pdb格式文件

大分子蛋白准备

• 加载蛋白：选择File/Read Molecule后选择文件加载
• 加氢：选择Edit/Hydrogens/Add进行加氢，弹出两个页面都直接选YES。
• 计算总电荷：选择Edit/Chargs/Compute Gasteiger
• 指定原子类型：选择Edit–Atoms–Assign AD4 type
• 转为pdbqt文件：选择File/save/write PDBQT后直接点击OK

小分子配体准备（如果事先准备了小分子的pdbqt文件，可以跳过）

• 重新打开autodock tools软件，或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。
• 加载配体：选择Grid/Input/Open（可能跳出弹窗，直接选择yes即可）
• 选择并判断配体的Root：选择Ligand> Torsion Tree > Choose Root”和“Ligand > Torsion Tree > Detect Root。
• 加载更多Root：选择Ligand > Torsion Tree > Show Root Expansion
• 查看可旋转的键：选择Ligand > Torsion Tree > Choose Torsion
• 保存成PDBQT：选择Ligand—Output > Save as PDBQT
• 随后点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面

Grid map准备

• 重新打开autodock tools软件，或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。
• 加载大分子蛋白：选择Grid > Macromolecule > Open（冒出三个弹窗，全都选Yes）
• 加载小分子配体：选择Grid > Set Map Types > Choose Ligand…或Grid > Set Map Types > Open Ligand…
• 移动小分子配体：……
• 设置并保存对接口袋：选择Grid > Grid Box…设置好口袋大小后点击Grid Options弹窗的File > Close saving current退出。
• 保存GPF文件选择Grid > Output > Save GPF...，命名类似7xvy_0472.gpf
• 运行Grid：选择Run > Run AutoGrid
• 点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面。

正式分子对接

• 加载大分子蛋白：选择Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename…
• 加载小分子配体：选择Docking > Ligand > Choose...或选择Docking > Ligand > Open...
• 设置算法：选择Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm，默认设置，点击Accept。
• 导出DPF文件：选择Docking > Docking Parameters…，默认设置，点击Accept。
• 保存算法：选择Docking > Output > Lamarckian GA (4.2)…。文件名类似7xvy_0472.dpf
• 运行Dock：选择Run > Run AutoDock
• 点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面

结果分析

• 打开.dlg文件：Analyze > Dockings > Open...。（可能有warning弹窗，直接选择ok就好）
• 显示 Receptor大分子蛋白：Analyze > Macromolecule > Open...
• 查看分子对接结果：Analyze > Conformations > Play, ranked by energy...。
• 保存成pdbqt格式文件：点击Write Complex图标，命名类似7xvy_0472.pdbqt