2、脑电预处理

目录

1.数据格式转换

2.channel locations 通道定位

3.去除无用电极

4.滤波

5.降采样（可选）

6.分段

7.去坏段 替换坏通道

8. Run ICA

9.去除伪迹成分

10.使用极端值的方式去伪迹（要在伪迹已经去的差不多了再做）

11..重参考  （数据处理做到90%时才建议做）

12.手动浏览数据

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脑电学习笔记~~~

打开matlab首件事：更改工作路径

注意：路径、文件、文件夹只能是数字、英文、下划线。不能有中文和特殊字符、空格

添加工具箱：set path --> add with subfolders --> save ->close

注意要文件夹分类，便于整理

preprocessing预处理：降噪

raw data:

• 信号+噪声
• 微弱的信号淹没在巨大的噪声中

1.数据格式转换

• 不同厂家采集到的原始数据格式不同
• *.* -->  *.set 、*.fdt

（1）导入raw数据

eeglab -> file -->import data --> using eeglab functions and plugins -->

找到自己的厂家和格式

因为数据的厂家是BV，格式是vhdr，所以选这个

（2）把转化数据保存

保存set格式文件

file --> save current dataset as

（3）导入set格式的数据

file --> load existing dataset

可以从工作区点开，看数据的详细信息

Channel locs很重要

2.channel locations 通道定位

edit --> channel locations

把数据保存一下到新的位置

ps：

用的默认的坐标定位文件是10-5的标准电极排布系统，那么非标准电极是无法定位出来的

如果有无法定位的通道:

• 1)电极位置是标准的，但是名称不标准: .
  • 把不标准的名称改为标准的名称，再点击look up locs
  • 

• 2)电极位置不标准
  • --1少数的不重要的电极CB1 CB2：后续直接将这种通道当成无用通道去掉
  • -2大量要分析的电极EGI:找厂家要定位

3.去除无用电极

这里通过Channel Range去除掉两个无用电极通道：

上图点击ok后，出现下图：

• 分段：把完整的数据按照需要进行分段
• 滤波：不同ERP成分的波的频率不一样，可以过滤出感兴趣的波
  • 分段 vs 滤波
    • 比如我关注0.1Hz~40Hz频段的波，那么这些波的周期在10s~0.025s间。此时一个最长完整的波需要10s。那么假如我先对数据进行分段，而且分段长度小于10的话，0.1Hz的波没办法通过滤波过滤出来。
    • 也就是说，L>3T,输入的数据长度要大于所需滤波的周期的三倍
  • 降采样 vs 滤波
    • 当你不清楚的时候，一般先进行滤波，把需要的频段留下来，然后再进行降采样。因为有一个数据分析原则，数据只能准确性最多只能分析到所采样的的1/2的频率。所以，可能会导致信息的损失。

• 降采样：对数据进行采样的点
  • fs：   1000（1s1000个点）-->100（1s100个点）
  • 1/2fs    500                                           50                                         可以准确分析到的只有1/2
  • 1/4fs     250                                          25

低通：保留低于它频率的波

高通：保留高于它频率的波

带通：保留特定区间的波

更推荐做单独的高通或者低通

4.滤波

tools --> filter the data --> Basic FIR filter

单独输入

lower edge -> 高通

higer edge -> 低通

两个一起输入是带通

选中notch做带阻

凹陷

5.降采样（可选）

从1000降到500

6.分段

Tools --> extra epochs

选择刺激（events）

一些笔记：

在分段[-1 2]中，

• • 刺激往前（负的部分[-1 0]）用来基线校正，
  • 刺激往后（正的部分[0 2]）是用来分析的，这一部分的长度：短不能短于你要分析的范围，长不能长于下一个刺激的发生。这一段的长度，最长不能超过两个刺激间的时间间隔。
    • 

• • 在分段中需要利用刺激marker和反应marker进行操作。
    • 可以按照刺激marker进行分段，然后按照反应marker去除我不需要的段。（思考：也许也可以倒过来，利用反应marker进行分段）。
      • 
      • 

• • 刺激marker和反应marker是需要自己标的（可能在数据采集的时候一起标的）

分段操作时可以选择进行基线校正，它会跳出来问你要不要进行基线校正，这里我们一并进行了基线校正。

最后运行结果如下图：可以看到有200个events，数据被分成了100段，每一段是[-1 1.998]的长度

下面的操作：保留含有你想要的反应的分段，去掉一些不要的分段

ps：前提是，你有反应marker，你就可以按照反应来选择分段

edit -->select epochs or events

在type中将正确反应的marker选出即可

7.去坏段 替换坏通道

当你的分段太少了，由于电极造成的很多分段都要去掉，那么可以进行插补坏通道（即使在处理后期也可以做）

去坏段 替换坏通道使用三明治法:

• • 看数据找坏通道——插补坏通道——看数据去坏段
    • 浏览数据: plot - channel data scroll
    • 插补坏通道：tools --> interpolate electrodes -->select from data channels

（1）插补坏通道

（2）去坏段

选中你要去掉的段，然后选择REJECT

可以在matlab上看到结果

8. Run ICA

tools -> Run ICA

• • 没有插补过坏通道默认用：'extended', 1
  • 插补过需要写成：'extended', 1, 'pca', m-n （写上具体的你要的主成分数量）
    • 其中m为当前通道的数量 n为插补的通道的数量

ICA原理：

画图怎么画：

• • 绘制一个一个独立的成分图：
    • plot --> component properties

• • 绘制所有成分的地形图:
    • tool --> reject data using ICA --> reject components by map

弹出框框，填写索引

画出来60个，可以看到，排序第一的成分再最上面，因为它是最后画出来的

绘制一个一个独立的成分图：

plot --> component properties 绘制所有成分的地形图: tool --> reject data using ICA --> reject components by map

眨眼

地形图很均匀，锁时且锁相，保留

地形图（map）不均匀，集中在后脑勺位置的那个点。高频却高能量（比低频能量还高），可能是伪迹，去掉。

• • 绘制所有成分的地形图:
    • tools --> inspect/label components by map -->

9.去除伪迹成分

tools --> remove components

Plot ERPs

• • 每个横线代表一个channel
  • 把每一个通道上面，不论多少条件（刺激），都一起进行叠加平均
    • 如果不同的条件（刺激）诱发的波形是相反的，那么只是将这些所有条件的片段进行叠加平均是没有意义的。
  • 

plot single trail

可以看下plot single trail 了解成分去除前后对数据的影响

• • 注意：
    • 当有不确定的成分时，我们可以单独去掉这个成分看它对数据的影响，
    • 如果能有效改善数据则去掉，如果影响不大可以保留
  • 在ICA成分鉴别时，不确定一定是伪迹的成分建议先保留

10.使用极端值的方式去伪迹（要在伪迹已经去的差不多了再做）

正常人的头皮脑电都是+- 100 uv 的范围的。所以超出这个范围的脑电都是伪迹

Tools --> reject data epochs ->reject extreme values

11..重参考  （数据处理做到90%时才建议做）

• • 在使用不同数据时（不同厂家），在线参考电极不一样。比如在线参考电极用的是CZ，那么CZ电极的数值就是零，FCZ为参考，FCZ就是零。
  • 当不同数据使用不同参考电极时，两者的数据是不能比较的。
  • 为了让不同研究收集的数据可以比较，就需要做重参考
    • 重参考常用的：双侧乳突、全脑平均、鼻尖（用什么需要看文献）
    • 如果做全脑平均，需要将双侧乳突电极去掉。用select data去掉。
      • 

• • 电极重要性排序：
    • 在线记录的参考电极最重要：决定在线记录数据的质量
    • 重参考的电极
    • 你要分析的电极

注意： 如果用平均参考 记得先把脑外的通道去掉

步骤：

Tools -- Re-reference

• • 

12.手动浏览数据

ps：小问题

任务态数据(呈现刺激)

二次滤波和二次分段,都需要进行二次的基线校正

倾向于先滤波，再分段，分段的时候会顺带进行基线校正

静息态的数据（没有刺激的marker）

数据预处理部分只有分段的操作和任务态数据不同，

要自己写文件去分段，把数据按照几秒一段，进行切段

运行上述代码后，数据已经被分段，但是界面上并没有更新。

更新视窗

总结：

预处理:

1.数据格式转化

2.通道定位

3.去除无用电极

4.滤波

5.降采样

6.分段

7.去坏段替坏导 （不能批处理）

8.|CA

9.去1CA伪迹成分（不能批处理）

10.极端值

11.重参考

12.手动浏览（不能批处理）