生物名词解释

FACS: flow-activated cell sorting

PCR： polymerase chain reaction 聚合酶链反应

DTW: dynamic time warping

spike in ：在RNA-seq数据分析中，为了比较不同样本、不同基因之间的表达差异，通常会对数据进行标准化转化，得到RPKM/FPKM/TPM等指标。但是这些指标都是相对定量，相对定量有两个前提：1是绝大多数的gene表达量不变；2是高表达量的gene表达量不发生改变。

可是在一些比较特殊的样本体系下，这两个基本假设有可能不能同时符合。比如针对很多癌症样本，经常会出现一些很重要的高表达gene发生普遍的上调或者下调，从而导致整个样本不符合RNA-Seq正常定量的基本假设。那么这个时候，如果继续使用常规的寻找差异表达的方法来对基因进行定量以及分析，就可能会出现偏差，这时候就需要通过参照物进行矫正。

矫正的思路是在变化的样本中寻找不变的量。在RNA-Seq中一般有两种方法矫正：第一种方法是通过持家基因（Housekeeping gene），因为默认为管家基因的表达量在样本中是基本不变的。但其实这种办法有一个非常强的先验假设：housekeeping gene的表达量不怎么发生变化。其实housekeeping gene list有几千个，这几千个基因有一定程度上的变化是有可能的。第二种是在RNA-Seq建库的过程中就掺入一些预先知道浓度和具体分子量的spike-in作为内参，然后使用内参进行矫正。这种方法能够对基因表达起到绝对定量的作用。
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WCSS：聚类内平方和，计算每个聚类内的方差；聚类效果越好，整体WCSS越低。

支配集（dominate set）：无向图G，S∈V，任意 V-S 中的节点，在S中至少有一个节点与其相邻，则S为G的支配集。

affinity matrix：亲和矩阵，也称为相似矩阵。

相对熵（KL散度）：两个概率分布间差异的非对称性度量，等价于两个概率分布的信息熵的差值；表明损耗。

NB：负二项分布。

FNN：前馈神经网络，单向多层结构，无反馈。

PCA（Principle Components Analysis，主成分分析）。

MDS（Multiple Dimensional Scaling，多维缩放）等非线性降维技术（广义上“非线性降维技术”≈“流形学习”，狭义上后者是前者子集）。

motif（模体）：motif是在许多蛋白质分子中，由几个具有二级结构的肽段在空间上相互接近、相互作用，所形成的折叠模样称为超二级结构，又称为模体。

motif在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构，是特定的group的序列预测。

对蛋白质来说，sequence motifs可以被定义为蛋白质（蛋白质序列）属于一个给定的蛋白质家族。

基因表达丰度：基因转录成mRNA的数量

基因丰度：基因组中该基因的拷贝数量。基因丰度高，即这个基因的数量多，那么可能这个基因的表达量也会多；基因丰度高不代表表达丰度也高。

RCPs：rare cell populations 罕见细胞群

EMT：epithelial-to-mesenchymal transformation 上皮-间充质转换

CAFs：cancer-associated fibroblasts 癌相关成纤维细胞

NK: natural killer（cells） 自然杀死细胞

SOX2：胚胎干细胞关键蛋白

OWL-QN：orthant-wise limited memory quasi-Newton algorithm

HXG：highly expressed genes

HVG：highly variable genes

ILCs：innate lymphoid cells 先天淋巴细胞

TH：辅助T细胞

LYZ：encode lysozyme 编码溶菌酶

GLNY：granulysin 粒溶素
granzymes 颗粒酶

DEX：dexamethasone 地塞米松

sci-RNA-seq：single-cell combinatorial indexing RNA sequencing 单细胞组合索引RNA测序

FEV：fifth Ewing variant protein 第五种尤因变异蛋白

ETS：erythroblast transformation-specific 成红血球细胞转换

CITE-seq：cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing 通过测序对转录组和表位的细胞索引

Macro：macrophages 巨噬细胞

Endo：endothelial cells 内皮细胞

MASCs：mammary gland stem cells 乳腺干细胞

ISCs：intestinal stem cells 小肠干细胞

ESCs：embryonic stem cells 胚胎干细胞

LIF：leukemia inhibitory factor 淋巴抑制因子

肿瘤异质性：指同一种恶性肿瘤在不同患者个体间或者同一患者体内不同部位肿瘤细胞间从基因型到表型上存在的差异。

肿瘤在生长过程中，经过多次分裂增殖，其子细胞呈现出分子生物学或基因方面的改变，从而使肿瘤的生长速度、侵袭能力、对药物的敏感性、预后等各方面产生差异。

这种差异发生在不同个体中可表现出不同的遗传背景如染色体量与质的差异，不同细胞病例类型、不同临床阶段不同分化程度细胞演进的多样性，同质肿瘤在分子水平也存在显著差异：比如基因表达谱、网络调控、突变谱等方面的不同。发生在同一肿瘤患者体内可表现出不同部位肿瘤细胞间的突变基因谱和生物学特性等方面的不一致，体现了恶性肿瘤在演进过程中的高度复杂性和多样性。