保姆级教程，带你复现病理AI的经典模型CLAM（一）｜项目复现·24-08-19

已于 2024-09-10 17:25:18 修改
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文章标签： 人工智能 医学人工智能 病理AI CLAM 弱监督学习
于 2024-08-19 07:37:31 首次发布
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版权

小罗碎碎念

推文概述

复现CLAM的第一期推文

通过这期推文你首先会学会如何在服务器端使用jupyter编程，比你用其他的编译器（例如PyCharm、VS）会更加的清晰，对新手也更友好。

接着我会介绍如何进行数据预处理，以及你应该如何准备自己的数据；随后我会介绍如何对WSI进行分割并切成patches；最后，我会讲解如何利用切片级的标签进行特征提取。

注意，我这篇推文的数据只用了两张切片，前面这些步骤是没有影响的，如果想要进行后面的步骤，两张切片是不够的，因为要划分训练集、验证集和测试集。

这篇推文是所有后续项目复现的基础，一定要掌握这个流程。

如果想了解文献具体讲了什么内容，可以移步我的另一篇推文

CLAM：病理AI发展里程碑，建议每一个研究病理AI的人都了解的文章｜24-08-16

模型概述

CLAM

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从零开始完成一个病理AI项目需要经历的7个流程｜项目复现·25-01-22
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数字病理学和人工智能的发展使得分析千兆像素全幅切片图像（WSIs）进行客观诊断、预后和治疗反应预测成为可能。然而，深度学习方法在处理WSIs时面临数据量大、标注成本高、领域适应性和可解释性差等挑战。现有的深度学习方法要么需要手动标注WSIs，要么依赖大量带有切片级标签的数据集，这在罕见诊断和临床试验中难以实现。此外，现有方法在处理不同来源和成像设备的图像时表现不佳，且缺乏对多类分类问题的支持。
无需编程基础，也能完成病理AI项目的保姆级教程｜项目复现·25-02-17
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动手前必读上周哈佛Mahmood Lab课题组上线了一个新的仓库，最近的更新时间为两天前，我稍微做了一些测试，效果很好，下图是我小批量测试的效果，，大家可以看看效果如何。！，我们通过这个项目，可以，小罗也会在后续的推文中继续分享我对这个项目的发掘，争取做到你们拿到就能上手的程度，所以为了防止错过小罗的更新，记得及时点个关注！官方流程比较简约，例如上图使用的模型是UNI，但是这个是受限访问的模型，，所以我在官方教程的基础上做了详细的补充！此外，。
病理AI领域的基础模型汇总｜顶刊速递·24-11-11
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CLAM——论文笔记
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最近看了一篇有关多示例学习的paper，题目为Data Efficient and Weakly Supervised Computational Pathologyon Whole Slide Images，对里面提出的模型比较感兴趣，特此做一下笔记。 github地址：https://github.com/mahmoodlab/CLAM paper地址：https://arxiv.org/abs/2004.09666 笔记 这篇paper提出了一个Clustering-constrained Atten
CLAM [特殊字符] StreamingCLAM，弱监督学习助力基底细胞癌诊断
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这篇文章聚焦于医学AI在基底细胞癌（BCC）诊断领域的应用。BCC发病率的急剧上升给病理诊断工作带来沉重负担，传统诊断方式依赖大量人工标注，效率低下且容易出错。在此背景下，文章提出了一种基于弱监督学习的创新方法，旨在利用AI技术提升BCC诊断的效率与准确性。文章详细介绍了两种关键模型CLAM和StreamingCLAM，并对它们进行了深入对比。研究人员使用了大规模的数据集，包括5147张图像用于训练和验证，以及在内部949张图像、外部183张图像和公共测试集上进行测试。
CLAM复现-安装环境和运行
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在安装opensilde的问题 openslide安装（windows10）_我是否忽略了什么-CSDN博客https://blog.csdn.net/jiachang98/article/details/104506188?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-4.no_search_link&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevan
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记录一下复现CLAM
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记录了本人复现CLAM的过程，之后做实验准备预处理数据可能都会用到CLAM。
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window系统复现CLAM，跑通700G-CAMELYON16
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这期推文来盘一盘如何从零开始复现一个深度学习的项目，我选择的项目是与的。挑选好项目以后，可以建立一个简单的思维导图辅助我们梳理架构，首先要关注的，就是我红框选出来的两个文档。
CLAM:完整幻灯片图像上的高效数据和弱监督计算病理学
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蛤 整个幻灯片图像上的数据高效和弱监督计算病理学。 自然生物医学工程 | | | TL; DR： CLAM是一种高通量且可解释的方法，可使用幻灯片级别的标签对数据进行有效的整个幻灯片图像（WSI）分类，而无需任何ROI提取或补丁级别的注释，并且能够处理多类子类型化问题。 经过训练的模型在三个不同的WSI数据集上进行了测试，可适应WSI切除和活检以及智能手机显微镜图像（显微照片）的独立测试队列。 CLAM：基于深度学习的管道，可进行高效数据和无监督的全幻灯片级别分析 ••••••••预打印•演示•引用 CLAM如何工作？ 聚类约束的注意力多实例学习（CLAM）是一种基于深度学习的弱监督方法，该方法使用基于注意力的学习来自动识别具有较高诊断价值的子区域，以便准确地对整个幻灯片进行分类，同时还利用实例代表区域上的高级别聚类，以约束和完善特征空间。 :copyright: Mahmood Lab-此代码在GP
（CNS复现）CLAM——Chapter_03
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一个全自动病理处理分析工具——CLAM
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CLAM是一种基于深度学习的数据高效、弱监督的全幻灯片（WSI）级的全自动分析工具， 是一种高通量且可解释的方法，使用WSI级标签对整个WSI图像 进行数据高效分类，可自动识别WSI中的组织区域，并提取patch坐标，并自动提取patch级别的特征，但并不真正对patch进行提取和保存，减少计算资源的消耗和内存的占用，可在无需进行ROI标注或者patch级别标签的情况下，基于注意力机制和多示例学习自动识别具有高诊断价值的patch，进而实现整个WSI的实例级别分类。
CLAM：病理AI发展里程碑，建议每一个研究病理AI的人都了解的文章｜24-08-16
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这篇文章提出了一种名为CLAM（Clustering-constrained-attention multiple-instance learning）的高通量深度学习框架，用于解决全幅切片图像（WSIs）计算病理学中的关键挑战。一作&通讯作者单位Ming Y. Lu研究背景问题：数字病理学和人工智能的发展使得分析千兆像素全幅切片图像（WSIs）进行客观诊断、预后和治疗反应预测成为可能。然而，深度学习方法在处理WSIs时面临数据量大、标注成本高、领域适应性和可解释性差等挑战。
CLAM 开源项目使用教程
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Clam 开源项目使用教程 clamStatic Analyzer for LLVM bitcode based on Abstract Interpretation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cla/clam 1、项目介绍 Clam 是一个开源的程序分析工具，主要用于静态分析和验证C/C++代码。它基于SeaHorn框架，能够帮助开发者检测代码中的潜...
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步长，这里可以理解为相邻patch之间的距离，如果设为patch大小，那么表示patch之间不重叠。：WSI的文件夹路径，将所有WSI放在一个文件夹内，可以实现批量化处理。**save_dir **：剪切后的patch、mask等文件保存路径。运行CLAM代码中的create_patches_fp.py文件。
跑通CLAM
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记录一下自己在服务器上面跑CLAM，因为自己的电脑配置不行，所以在服务器上面搭建了环境来跑CLAM。总的来说还是一次不错的收获，不仅学习了整个的过程，还学到了linux系统的很多操作。也不知道这个要跑多久。
clam复现
最新发布
05-10
### 关于CLAM的复现步骤 #### 安装依赖环境 为了成功复现CLAM，首先需要搭建合适的开发环境。这通常涉及Python版本的选择以及必要的库安装。推荐使用Anaconda来管理虚拟环境和包依赖关系[^1]。 ```bash # 创建并激活一个新的Conda环境 conda create -n clam_env python=3.7 conda activate clam_env # 安装所需的Python库 pip install numpy pandas scikit-learn torch torchvision matplotlib h5py ``` #### 数据准备 CLAM框架主要用于处理全切片图像（Whole Slide Images, WSI），因此数据集的准备工作至关重要。以CAMELYON16为例，在完成下载后需提取特征向量作为模型输入[^3]。 在`CLAM-master`目录下创建名为`FEATURES_DIRECTORY`的新文件夹，并在其内部进一步构建子文件夹`tumor_vs_normal_resnet_features`用于存储预计算好的ResNet特征表示： ```plaintext CLAM-master/ ├── FEATURES_DIRECTORY/ │ └── tumor_vs_normal_resnet_features/ └── ... ``` #### 配置参数与训练模型 调整配置文件中的各项超参设定值以便适配特定任务需求。通过命令行界面启动实验脚本执行端到端流程包括但不限于滑动窗口采样、注意力机制学习过程等核心环节[^2]。 ```python from pathlib import Path features_dir = Path('FEATURES_DIRECTORY/tumor_vs_normal_resnet_features') train_data_path = features_dir / 'train' val_data_path = features_dir / 'val' # 假设已定义好其他必要变量如model_type, bag_loss等... command_template = f'python main.py --data_root {str(features_dir)} \ --results_dir results --split_dir splits/camelyon_splits \ --model_size small --model_type {model_type} --bag_loss {bag_loss}' print(command_template) ```
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