空间转录组并列画图测试1

最新推荐文章于 2024-07-23 14:36:35 发布
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分类专栏： 杂类 文章标签： python
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在这里插入图片描述正确方式如下：

import matplotlib.pyplot as plt
fig,ax=plt.subplots(1,2,figsize=(20,8))# 默认的图太小，需要修改这个figsize
sc.pl.spatial(adata1,title="Section_1",ax=ax[0],show=False)# 一定要加入show=False
sc.pl.spatial(adata2,title="Section_2",ax=ax[1],show=False)# 一定要加入show=False

在这里插入图片描述

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单细胞空间组学 scanpy代码案例
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参考：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html。参考：https://blog.csdn.net/Hodors/article/details/126341127。anndata是一个Python包，用于处理内存和磁盘上的带注释的数据矩阵，位于pandas和xarray之间。图片数据一般存放这里。
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空间转录组网络图的分步绘制(Xenium)
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空间转录组细胞类型的距离分析之二---代码实现
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scanpy单细胞分析官网示例全解析（三）全网最详细及细节
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**stereopy: 空间转录组学分析工具包** 空间转录组学（Spatial Transcriptomics）是一种新兴的生物技术，它允许科学家在细胞的原生环境中研究基因表达，从而揭示组织和器官内的复杂细胞相互作用和功能区域。`...
SPOTlight:空间转录组学捕获位置反卷积
04-29
SPOTlight的目标是提供一种工具，该工具能够对包含捕获细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行反卷积，该技术最初是为10X的Visium开发的-空间分子切割技术-可以用于返回混合物的所有技术细胞。...
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【公司无参转录组分析结题报告1】 在生物学研究中，无参转录组分析是一种不依赖于已知参考基因组的转录组学分析方法，它主要用于那些尚未有完整基因组序列的物种或者在基因组变异较大的研究对象上。本报告详细介绍...
宏转录组学习笔记.pdf
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Scanpy(二)可视化函数
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cca 整合分析单细胞转录组空间转录组
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CCA（canonical correlation analysis）是一种常用的多变量统计分析方法，可以用于整合分析单细胞转录组和空间转录组的数据。 单细胞转录组是指对单个细胞的转录组进行测量和分析，可以了解细胞间的异质性和功能特征。而空间转录组是指在组织或器官水平上，对转录组进行测量和分析，可以了解细胞在空间上的分布和相互作用。 在整合分析单细胞转录组和空间转录组时，首先需要对两种数据进行预处理，例如数据清洗、标准化和归一化等。然后，可以利用CCA方法来识别两种数据之间共享的信息和变化模式。 CCA通过最大化两个数据集之间的相关性，找到两者之间最大化的公共变量。具体步骤包括：首先，计算两个数据集之间的相关性矩阵；然后，利用Singular Value Decomposition（奇异值分解）将相关性矩阵分解成特征向量和特征值；最后，根据特征值的大小选择最相关的特征向量，得到两个数据集之间的相关性。 通过整合分析单细胞转录组和空间转录组的数据，可以获得以下优势：一是可以揭示细胞类型和组织结构之间的关系，帮助我们了解细胞的空间分布模式；二是可以发现特定细胞类型在不同组织中的表达模式和功能特征；三是可以识别具有生物学意义的共同变化模式，为进一步研究和解读提供线索。 当然，整合分析单细胞转录组和空间转录组的数据还需要结合其他的统计方法和生物学解释来进行综合分析和解读。这样的整合方法可以为我们更好地理解细胞和组织的功能和相互作用提供重要的信息。
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