单细胞分析Scanpy(二)：scanpy常用函数介绍

一、scanpy中常用的组件

1.pp:数据预处理

2.tl:额外添加信息

3.pl:可视化

二、常用函数简介

1、sc.pp.filter_cells

sc.pp.filter_cells(data, min_genes=None, max_genes=None) 

        常常用于预处理中，做一些细胞筛选的工作，该函数保留至少有 min_genes 个基因的细胞，或者保留至多有 max_genes 个基因的细胞；另外注意，参数 min_genes 和参数 max_genes 不能同时传递。

2、sc.pp.filter_genes

sc.pp.filter_genes(data, min_cells=None, max_cells=None) 

        该函数用于保留在至少 min_cells 个细胞中出现的基因，或者保留在至多 max_cells 个细胞中出现的基因；参数 min_cells 和参数 max_cells 不能同时传递。

sc.pp.filter_genes 用于选择基因（筛选列），sc.pp.filter_cells 用于选择细胞（筛选行）。

3、sc.pp.highly_variable_genes

sc.pp.highly_variable_genes(data, 
							n_top_genes=None, 
							min_disp=0.5, 
							max_disp=inf, 
							min_mean=0.0125, 
							max_mean=3)

        该函数用于确定高变基因；高变异基因就是highly variable features（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最大的基因。

常用参数说明：

        data：AnnData Matrix，行对应细胞，列对应基因
        n_top_genes：要保留的高变基因的数量

4、sc.pl.highest_expr_genes

sc.pl.highest_expr_genes(adata, n_top=20)

该函数用于可视化所有细胞中计数最多的20个基因，同时计算了百分比含量，一般会得到一张类似下面的图：

5、sc.pp.normalize_total

sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=None, inplace=True)

        归一化扩展，函数可以对每个细胞进行标准化，以便每个细胞在标准化后沿着基因方向求和具有相同的总数target_sum。