单细胞分析Scanpy(二)：scanpy常用函数介绍

一、scanpy中常用的组件

1.pp:数据预处理

2.tl:额外添加信息

3.pl:可视化

二、常用函数简介

1、sc.pp.filter_cells

sc.pp.filter_cells(data, min_genes=None, max_genes=None) 

        常常用于预处理中，做一些细胞筛选的工作，该函数保留至少有 min_genes 个基因的细胞，或者保留至多有 max_genes 个基因的细胞；另外注意，参数 min_genes 和参数 max_genes 不能同时传递。

2、sc.pp.filter_genes

sc.pp.filter_genes(data, min_cells=None, max_cells=None) 

        该函数用于保留在至少 min_cells 个细胞中出现的基因，或者保留在至多 max_cells 个细胞中出现的基因；参数 min_cells 和参数 max_cells 不能同时传递。

sc.pp.filter_genes 用于选择基因（筛选列），sc.pp.filter_cells 用于选择细胞（筛选行）。

3、sc.pp.highly_variable_genes

sc.pp.highly_variab