adata读入数据问题

import scanpy as sc 

adata=sc.read("./data/panc8.h5ad")
print(adata)
# 注意下面这句
adata.__dict__['_raw'].__dict__['_var'] = adata.__dict__['_raw'].__dict__['_var'].rename(columns={'_index': 'features'})


smartseq2_adata=adata[adata.obs["BATCH"].isin(["smartseq2"])]

smartseq2_adata.write("./data/smartseq2.h5ad")

indrop_adata=adata[adata.obs["BATCH"].isin(["indrop1","indrop2","indrop3","indrop4"])]
indrop_adata.write("./data/indrop.h5ad")

有的时候，一个环境的h5ad到另一个环境并不能成功读取，而是会报错，可能是h5py和anndata的问题。

报的错误就是

ValueError: '_index' is a reserved name for dataframe columns. Above error raised while writing key 'raw/var' of <class 'h5py._hl.files.File'> from /.

这个需要注意

今天我测试了另外一个错误

环境比较

desc环境

python 3.6.10 anndata 0.7.8 scanpy 1.7.2 h5py 3.1.0

base环境

python 3.9.13 anndata 0.8.0 scanpy 1.9.1 h5py 3.1.0

desc 环境测试

import scanpy as sc 

adata = sc.read("/home/yxk/Desktop/test_dataset/pancreas_desc/celseq1.h5ad")
sc.pp.normalize_total(adata,target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata,n_top_genes=1000,subset=True)
sc.pp.scale(adata)
sc.tl.pca(adata)
sc.pp.neighbors(adata)
sc.tl.umap(adata)
sc.pl.umap(adata,color=["tech","celltype"])

结果如下

base环境测试

import scanpy as sc 

adata = sc.read("/home/yxk/Desktop/test_dataset/pancreas_desc/celseq1.h5ad")
sc.pp.normalize_total(adata,target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata,n_top_genes=1000,subset=True)
sc.pp.scale(adata)
sc.tl.pca(adata)
sc.pp.neighbors(adata)
sc.tl.umap(adata)
sc.pl.umap(adata,color=["tech","celltype"])

可以看到，至少desc(低版本）是不能读取高版本的anndata的，这个我有点奇怪