Linux 子系统搭建以及16S rRNA conda环境设置

Linux 子系统搭建以及conda环境设置

一、Linux子系统

1.widonws10下先打开，开发者选项

2.在应用与程序中找到 window功能，打开 勾选linux 的子系统（家庭版直接搜索windows功能）其他版本不一样可以百度

3. 去Microsoft store 中搜索 linux

4. 下载安装

5. 然后设置名字和密码

二、Conda 安装

（1）.bash ./anacondaxxxxxxx.sh （2个yes 1个no）

”““

此处就添加了环境变量如果第二个yes没有点需要另外添加环境变量再激活环境

vim ~/.bashrc

export PATH=“xxx/miniconda3/bin:”$PATH 路径是你安装annaconda 的路径

在进行激活环境）

”“”

(2).source ~/.bashrc 激活环境

(3).conda info

（4).添加镜像源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

vim ~/.condarc 按i然后删除最后一行 按ESC 后 按  ：wq！ 保存退出（具体的vim编辑器的使用方法可以去CDNS查看本教程仅对后续分析做指导）删除不必要的下载环境
conda install mamba

三、QIIME2环境的创建下载

1.官网下载 yml 文件过后
2.创建环境conda evn create -n qiime2-2020 –file xxxxx.yml文件（创建和下载qiime2分析环境和文件）
注意
3.为 yml文件添加镜像
"""
channels:
- qiime2/label/r2020.2
- qiime2
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- defaults
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- biocore
dependencies:
"""

u.cn/anaconda/cloud/bioconda

• biocore
  dependencies:
  “”"