第一天
POSCAR found type information on POSCAR O
ERROR: the type information is not consistent with the number of types
发现在POSCAR文件中有一类信息没有容纳在所在类型信息中,O读出来了,Zn没有,说明Zn后面有什么东西是linux识别不出来的,原因在于,从数据库下载的POSCAR中空格的分隔符是制表符\t
,VASP不能正确读出以\t
为分隔符的字符串。同样的问题也会在INCAR中出现。另外在WINDOWS系统下生成的POSCAR或INCAR在VASP中可能会出现非常奇怪的错误。最致命的是VASP不会自动检查POSCAR中的元素类型是否与POTCAR元素类型是否一致,也就是你算石墨烯也可以用H的赝势,并不会报错,但是结果一定是错的!因此vaspkit 0.71
以后的版本加入了格式纠正和赝势元素检查的功能109
。
试着将Zn后空格删去在加上空格,果然可以了。
成功运行!!!
第二天
关于VASP的old and new charge differ 的问题
在提交脚本中加入下面两行命令
export I_MPI_ADJUST_REDUCE=3
export MPIR_CVAR_COLL_ALIAS_CHECK=0
可成功运行