癌症基因图谱（ TCGA）数据库（一）数据下载

在TCGA数据库中检索并下载5 种不同类型癌症（包括BRCA, BLCA, LGG, LUAD 和 LUSC）病例的 RNA转录组RNA-seq数据。一共有3329个TCGA样本，每个样本中有六万多个基因。数据下载完成后，还是一堆文件夹，接下来需要使用Python对数据进行处理。

下载数据

TCGA数据下载网址：https://portal.gdc.cancer.gov/
下载官方下载工具「gdc-client」：链接地址：gdc-client下载工具

1、先从TCGA数据库中下载三个文件：

2、然后下载官方下载工具，工具下载完之后不需要安装就可以直接使用，但是下载数据是在命令行中进行的，为了方便需要把安装工具配置到系统中的「环境变量。利用工具进行下载，打开命令行：输入以下命令，等待下载：

命令：gdc-client download -m 【txt文件地址】-d [下载文件的保存地址]

数据下载完成之后，为TCGA中的每一个数据分别创造了一个相应的文件夹，每个文件夹中都有一个对应的gz格式的安装包。