LINUX下BLAST+的本地化(最新版blast) (Version 2.0)

最新推荐文章于 2022-12-07 14:35:55 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/big_data_age/article/details/8273221
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本文提供了一步一步在LINUX(CentOS 64位)上安装和配置BLAST+ 2.2.27+的详细指南，包括下载安装包、解压、设置环境变量、创建数据库、下载FASTA格式的数据库并建立BLAST+可用的数据库，最后展示了如何使用psiblast进行序列比对。
摘要由CSDN通过智能技术生成
在以下环境亲测有效：CentOS Linux 64 Bit. 
下面涉及到的路径需要根据自己的电脑来修改。
LINUX下BLAST+的本地化(ncbi-BLAST 2.2.27+):

1  下载程序:
   在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载
   ncbi-blast-2.2.27+-x64-linux.tar.gz （根据自己的操作系统选择）

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Linux下BLAST安装及BLAST使用
宁生信
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1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下； 2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin； 3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
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建库减压后，改名为blast，并在blas目录在建立db文件1，建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname还有formatdb http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483建立核算库： formatdb -i fa -p F -o T2、比对b...
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blast blast包含核酸序列比对，蛋白序列比对等。 主要有两个步骤： 建库 （makeblastdb） 比对 （blast） mdkebalstdb和blast的参数 makeblastdb -in input_file -input_type type #输入的文件类型：String, `asn1_bin', `asn1_txt', `blastdb', `fasta' -dbtype molecule_type #要生成的数据库类型：String, `nucl', `prot' -tit
linux 下更改 blast+ version
weixin_30920091的博客
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to 2.2.30 cd /usr/bin sudo su mv blastdb_aliastool blastdb_aliastool_2.25 mv blastdbcheck blastdbcheck_2.25 mv blastdbcmd blastdbcmd_2.25 mv blast_formatter blast_formatter_2.25 mv blastn blastn_2.2...
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weixin_35949435的博客
05-09 2662
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weixin_34218582的博客
04-30 796
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​实操|Linux系统中使用NCBI BLAST+​mp.weixin.qq.com全基因组基因家族成员鉴定与分析中，第一步就需要通过数据库检索进而鉴定成员，基于此方可进行诸如构建进化树、保守domain和motif分析、基因结构分析等一系列生物信息学预测分析以及转录组或荧光定量表达分析；微生物测序数据分析中，也常常需要对未知的核酸或蛋白质序列与标准数据库进行相似性检索，从而进行物种注释；以上这两...
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qq_53666171的博客
09-08 1665
linux 中下载 blast 软件
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02-21
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11-22
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05-14 1626
本文提供在Linux系统中进行NCBI BLAST+本地化的方法。实测环境为Linux64位系统，无ROOT权限。本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用)，高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法，一是因为思路一样，二是因为Linux中BLAST效率更高，系统更稳定，不会卡死。所以，请用Linux服务器，我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧。请不要因为篇幅长，而...
Centos6.5系统下本地安装BLAST步骤
飘羽的博客
12-05 2671
1.NCBI上下载BLAST软件安装包： ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 2.将压缩包放在自己指定的目录下，进行解压缩： tar -zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 3.解压完成后，配置环境变量： vi /etc/profile 添加内容： export BLAST_HOME=/h
tblastx的使用
zxx11542的博客
01-04 1182
使用原理在网上很多，基本基于Blastn， tblastx基本通用。 为了达成all vesus all的blast，首先建立本地数据库。建立本地数据库之前，设置一下电脑的blast path路径，不然无法调用。具体请查询网络。 C:\Users\yemao>cd D:\blast\db C:\Users\yemao>d: D:\blast\db>makeblastdb.exe -in new1.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl
本地blast
xxxxy314的博客
10-16 1035
目前本地blast的版本： 下载： wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ 解压： tar zxvpf ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz 之后生成一个文件夹： ncbi-blast-2.2.31+ Under bash, the followi
Linux上部署和使用Blast序列比对工具
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m0_46468289的博客
12-07 3931
第一步:Index of /blast/executables/blast+/LATESThttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/去这个网址,下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz,也就是Linux版本第二步:在linux上创建好文件夹,比如我在/home下创建soft文件夹,用于安装Blast软件.第三步:把下载好的压缩包,放到文件夹下,进行解压,命令如:tar -zxvf ncbi-bl
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